製品・サービス情報
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Biomarker Technologies社（BMKgene） 次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
ゲノムワイド関連シークエンス受託解析サービス |
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| フィルジェンでは、BMKgene社との業務提携による次世代シークエンスシング（次世代シーケンシング/NGS）/ゲノムワイド関連シークエンス受託解析サービスをご提供しています。 |
 概要
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ゲノムワイド関連研究（GWAS）の目的は、特定の形質（表現型）に関連する遺伝子変異（遺伝子型）を同定することです。多数の個体において、ゲノム全体にわたって遺伝子マーカーを精査することにより、GWAS
は集団レベルの統計解析を通じて遺伝子型と表現型の関連を推定します。この手法は、ヒト疾患の研究や、動物や植物の複雑な形質に関連する機能遺伝子の探索に幅広く応用されています。
BMKgene では、大規模な集団に対して、GWAS を実施するために、以下の2つの方法を提供しています。
・全ゲノムシークエンシング（WGS）
・独自に開発された Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) と呼ばれる、濃縮ゲノムシークエンシング（reduced
representation genome sequencing)法
WGSはより小さなゲノムに適している一方、SLAFはより長いゲノムを持つ、より大きな集団を研究するための費用対効果の高い代替手段であり、シークエンスコストを効果的に最小限に抑えながら、高い遺伝子マーカー発見効率を保証します。 |
 特長
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豊富な専門知識と実績： GWAS における豊富な経験を持つ BMKGene は、集団 GWAS 研究で数百種のプロジェクトを完了しました。研究者が
100 件以上の論文を発表するのを支援し、その累積インパクトファクターは 500 に達しています。 |
| ◆ |
包括的なバイオインフォマティクス分析： ワークフローには、SNP 形質関連解析が含まれ、候補遺伝子のセットとそれに対応する機能アノテーションを提供します。 |
| ◆ |
高度なスキルを持つバイオインフォマティクスチームと短い解析サイクル： 高度なゲノム解析における豊富な経験を持つ BMKGene のチームは、包括的な解析を迅速な納期で提供します。 |
| ◆ |
解析完了後のサポート： プロジェクト完了後 3 ヶ月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問やご質問に対応致します。 |
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 サービス内容
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ご送付頂いた DNA サンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンス、バイオインフォマティクス解析まで実施いたします。
【シークエンス内容】
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| シークエンス種類 |
推奨集団規模 |
シークエンス条件（データ出力量） |
| 全ゲノムシークエンス（WGS) |
200サンプル |
10x |
| Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) |
Tag 深度： 10x
Tag数：
・ゲノムサイズ 400Mb 未満： WGS を推奨
・ゲノムサイズ 1Gb 未満： 100K tags
・ゲノムサイズ 1Gb から 2Gb 未満： 200K tags
・ゲノムサイズ 2Gb から： 300K tags, Max 500K tags |
| ※ |
シークエンス条件は参考値です。 |
| ※ |
QC チェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。 |
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【データ解析内容】
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以下の解析が含まれます。
ゲノムワイド関連解析： LM, LMM, EMMAX, FASTLMM モデル
候補遺伝子の機能アノテーション
※パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプアインの変更・更新等により、変更される場合があります。 |
【ワークフロー】
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1. 材料の選択
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様々な品種、亜種、在来種/遺伝子バンク/混合家族/野生資源 |
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様々な品種、亜種、在来種 |
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半兄弟家族/全兄弟家族/野生資源 |
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2. 特性調査（1 解析 25 特性まで； 26 特性以上の場合は、ご相談ください。）
3. 遺伝子型判定
4. モデルの選択
5. 関連付け結果
6. BMKCloud によるディープサーチ |
【作業内容】
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1. サンプル QC チェック
2. ライブラリー作製
3. シークエンス作業
4. バイオインフォマティクス解析（有償オプション） |
【解析データ例】
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SNP-trait association analysis - Manhattan plot
SNP-trait association analysis -QQ plot
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納品物
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・サンプル QC レポート
・FASTQ 形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合）
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。 |
 サンプル条件
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| シークエンシング種類 |
サンプル必要量 |
| 全ゲノムシークエンス |
濃度：≧1ng/μL
必要量：≧60ng
Limited or no degradation or contamination
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| Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF) |
濃度：≧5ng/μL
必要量：≧160ng
Nanodrop O.D.260/280=1.6-2.5
Agarose gel： no or limited degradation or contamination
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| ※ |
gDNA 抽出からの作業をご希望の場合は、お問合せください。 |
| 1. |
DNase, RNase フリーの 1.5mL または 2mL（推奨）のチューブを使用してください。 |
| 2. |
Nuclease-free water または TE Buffer に溶解し、-80℃以下で保存してください。 |
| 3. |
RNase 処理を行い、DNA が分解されていないことを確認してください。 |
| 4. |
UV スペクトルベースの濃度測定法では、DNA 濃度が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
※UV スペクトルベースで測定した場合、上記よりも多くゲノムDNAを準備してください。 |
| 5. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
| 6. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 |
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価格・納期
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【価格】
| サービス名 |
データ量 1) |
サンプル数 |
税別単価 2） |
カタログ＃ |
| ゲノムワイド関連シークエンス受託解析サービス（WGS） |
お問合せ |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| ゲノムワイド関連シークエンス受託解析サービス（SLAF） |
（100K Tags） |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| （200K Tags） |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| （300K Tags） |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| （400K Tags） |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| 1) |
上記以外のデータ量をご希望の場合には、お問合せください。 |
| 2) |
海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。 |
【納期】
約 3～3.5 ヶ月
※納期は、QCチェック合格後となります。
※年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。 |
サービスの流れ
ご注意事項 （必ずご確認ください）
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本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先（Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。 |
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本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。 |
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やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 |
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サンプルの品質チェック（QCチェック）の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。 |
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ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了後に破棄されます。） |
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生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。 |
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サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受入れが不能又は拒否されたりする場合もあります。 |
※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKgene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
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