製品・サービス情報
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Biomarker Technologies社（BMKgene） 次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing）
受託解析サービス |
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| フィルジェンでは、BMKgene社との業務提携による次世代シークエンスシング（次世代シーケンシング/NGS）/RRBS（Reduced Representation
Bisulfite Sequencing） 受託解析サービスをご提供しています。 |
 概要
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Reduced Representation Bisulfite Sequencing (RRBS) は、DNA メチル化研究において、全ゲノムバイサルファイトシークエンシング（WGBS）に代わる費用対効果の高い効率的な手段として登場しました。WGBS
は、ゲノム全体を 1 塩基の解像度で調べることで包括的な知見を提供しますが、その一方でコストの高さが制限要因となる場合があります。RRBS は、ゲノムの代表的な部分を選択的に解析することで、この課題を戦略的に軽減します。この方法は、MspI
切断による CpG アイランドリッチ領域の濃縮と、それに続く 200-500/600 bps フラグメントのサイズ選択に依存しています。その結果、CpG
アイランドに近接した領域のみが、シークエンシングされ、CpG アイランドから離れた領域は解析から除外されます。このプロセスとバイサルファイトシークエンスを組み合わせることで、DNA
メチル化の高解像度検出を可能にし、また、PE150 というシークエンシングアプローチは、インサートの中央ではなく末端に特に焦点を当てるため、メチル化プロファイリングの効率が向上します。RRBS
は、コスト効率の高い DNA メチル化プロファイリングを可能にし、エピジェネティックなメカニズムに関する知識を深める貴重なツールです。 |
 特徴
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解析には参照ゲノムが必要 |
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バイサルファイト変換効率をモニターするために、λDNA を添加 |
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MspI 消化効率のモニタリング |
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植物サンプルのための二重酵素消化 |
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illumina Novaseq によるシークエンシング |
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特長
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WGBS に代わる費用対効果が高い効率的な解析： 低コストかつ少ないサンプル量で解析可能 |
| ◆ |
完全なプラットフォーム： サンプル処理、ライブラリー調製、シークエンシングからバイオインフォマティクス解析まで、ワンストップの優れたサービスを提供 |
| ◆ |
豊富な専門知識： 10 年以上にわたる経験、熟練の解析チーム、包括的なコンテンツを提供 |
| ◆ |
解析完了後のサポート： プロジェクト完了後 3 か月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問・ご質問にご対応いたします。 |
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 サービス内容
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ご送付頂いた DNA サンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。
【シークエンス内容】
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| ライブラリー種類 |
シークエンス条件 |
推奨データ出力量 |
データQC |
| MspI 消化およびバイサルファイト処理 |
Illumina PE150 |
8 Gb |
Q30≧85%
Bisulfite conversion＞99％
MspI cutting efficiency＞95％ |
※推奨データ出力量は、参考値です。
※QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。 |
【データ解析内容】
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以下の解析が含まれます。
| 1. |
Raw シークエンスデータの品質管理 |
| 2. |
参照ゲノムへのマッピングに基づくピークコール |
| 3. |
5mC メチル化塩基の検出とモチーフの識別 |
| 4. |
メチル化分布の解析とサンプル比較 |
| 5. |
差次的メチル化領域（DMR）の解析 |
| 6. |
DMR に関連する遺伝子の機能アノテーション |
※パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。 |
【作業内容】
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1. サンプル QC チェック
2. ライブラリー作製
3. シークエンス作業
4. バイオインフォマティクス解析（有償オプション） |
【解析データ例】
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Quality control： digestion efficiency （in genome mapping）
Quality control： bisulfite conversion（in methylation info extraction）
Methylation map： 5mC methylation genome-wide distribution
Sample comparison： Principal Component Analysis
Differentially Methylated Regions (DMRs) anlaysis： heatmap
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納品物
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・サンプル QC レポート
・FASTQ 形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合）
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。 |
 サンプル条件
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| サンプル種類 |
濃度 |
総量 |
追加要件 |
| Genomic DNA |
≧30 ng/μL |
≧2 μg |
limited degradation or contamination |
| ※ |
gDNA 抽出からの作業をご希望の場合はお問合せください。 |
| 1. |
DNase, RNase フリーの 1.5mL または 2mL（推奨）のチューブを使用してください。 |
| 2. |
Nuclease-free water または TE buffer にて -80℃以下で保存してください。 |
| 3. |
RNase 処理を行い、DNA が分解されていないことを確認してください。 |
| 4. |
UV スペクトルベースの濃度測定法では、DNA 濃度が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。 |
| 5. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
| 6. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 |
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価格・納期
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【価格】
| サービス名 |
データ量 1） |
サンプル数 |
税別単価 2） |
型番 |
| RRBS 受託解析サービス |
お問合せ |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
RRBS 受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付き |
お問合せ |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| 1) |
上記以外のデータ量をご希望の場合にはお問合せください。 |
| 2) |
海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。 |
【納期】
約 2～2.5 ヶ月（バイオインフォマティクス解析付： 約 2.5～3 ヶ月）
※納期は、QCチェック合格後となります。
※年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。 |
サービスの流れ
ご注意事項 （必ずご確認ください）
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本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先（Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。 |
| ・ |
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。 |
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やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 |
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サンプルの品質チェック（QCチェック）の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。 |
| ・ |
ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了後に破棄されます。） |
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生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。 |
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サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受入れが不能又は拒否されたりする場合もあります。 |
※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKgene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
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