製品・サービス情報
|
|
Biomarker Technologies社（BMKgene） 次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
CircRNA シークエンス 受託解析サービス |
|
 |
| フィルジェンでは、BMKgene社との業務提携による次世代シークエンスシング（次世代シーケンシング/NGS）/CircRNA シークエンス受託解析サービスをご提供しています。 |
 概要
|
Circular RNA は、非標準的なスプライシングイベントによって閉じたループを形成する RNA 分子クラスの一種であり、高い安定性を有します。Circular
RNA シークエンス（CircRNA-Seq）は、この circRNA のプロファイリングと解析を行います。一部の CircRNA は、microRNA
スポンジとして機能し、microRNA と結合することで標的 mRNA の制御を妨げることが示されていますが、その他の circRNA はタンパク質と相互作用し、遺伝子発現を調節したり、細胞プロセスにおいて役割を持つ可能性があります。circRNA
発現解析は、これらの分子の制御的役割と、様々な細胞プロセス、発生段階、および疾患状態におけるその重要性についての洞察を提供し、遺伝子発現の文脈における
RNA 制御の複雑さについての理解を深めることに貢献します。 |
 特徴
|
| ◆ |
rRNA 除去および方向性を有するライブラリー調製により、ストランド特異的なデータ取得 |
| ◆ |
circRNA 予測および発現定量を含むバイオインフォマティクス解析（有償オプション） |
|
特長
|
| ◆ |
より包括的な RNA ライブラリー： プレライブラリー調製において、直鎖状 RNA の除去ではなく、rRNA の除去法を使用することで、シークエンスデータに
circRNA だけでなく mRNA や lncRNA も含まれる様にし、これらのデータセットの共同解析を可能にしています。 |
| ◆ |
競合的内因性 RNA（Competitive Endogenous RNA；ceRNA）ネットワークのオプション解析：細胞制御メカニズムへのより深い洞察を提供します。 |
| ◆ |
包括的なバイオインフォマティクス分析：既知および新規の miRNA の同定、miRNA ターゲットの識別、および複数のデータベース（KEGG、GO）による対応する機能アノテーションエンリッチメントを可能にします。 |
| ◆ |
豊富な専門知識： BMKgene では様々な研究領域で多様なサンプルタイプと lncRNA プロジェクトにおいて、20,000サンプル以上の処理実績があります。この豊富な経験をあらゆるプルジェクトに活かします。 |
| ◆ |
厳格な品質管理： サンプルおよびライブラリーの調製からシークエンシング、バイオインフォマティクスに至るまで、すべての段階にわたって管理ポイントを導入しています。この綿密なモニタリングにより、一貫して高品質の結果の提供を可能にします。 |
| ◆ |
解析完了後のサポート： プロジェクト完了後 3 か月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問・ご質問にご対応いたします。 |
|
 サービス内容
|
ご送付頂いた RNA サンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。
【シークエンスパラメーターとデータ解析内容】
|
| シークエンス条件 |
Illumina NovaSeq, PE150 |
| ライブラリータイプ |
rRNA depleted directional library |
| 推奨データ出力量 |
16 - 20 Gb |
| データ品質管理 |
Q30≧85％ |
| データ解析 |
 |
| ※ |
推奨データ出力量は、参考値です。 |
| ※ |
QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。 |
| ※ |
パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。 |
|
【作業内容】
|
1. サンプル QC チェック
2. ライブラリー作製
3. シークエンス作業
4. バイオインフォマティクス解析（有償オプション） |
【解析データ例】
|
CircRNA prediction： chromosomal distribution
Differentially Expressed circRNAs - Volcano plot
Differentially Expressed circRNAs - hierarchical clustering
Functional enrichment of circRNA's host genes
 |
|
納品物
|
・サンプル QC レポート
・FASTQ 形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合）
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。 |
 サンプル条件
|
|
| サンプル種類 |
必要量 |
RIN (Agilent2100) |
純度（NanoDropTM） |
| Total RNA |
≧1.6μg
液量：≧20μL
濃度：≧80ng/μL |
RIN≧6.0；
5.0≧28S/18S≧1.0；
Limited or no baseline elevation |
O.D.260/280：1.7-2.5
O,D,260/230：0.5-2.5
Limited or no protein or
DNA contamination shown on gel |
| ※ |
Total RNA 抽出からの作業をご希望の場合は、お問合せください。 |
| 1. |
DNase, RNase フリーの 1.5mL または 2mL（推奨）のチューブを使用してください。 |
| 2. |
Nuclease-free water または TE Buffer にて -20℃以下で保存してください。 |
| 3. |
DNase 処理を行うことを強く推奨します。 |
| 4. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
| 5. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 |
|
|
価格・納期
|
【価格】
| サービス名 |
データ量 1) |
サンプル数 |
税別単価 2） |
型番 |
| CircRNA シークエンス受託解析サービス |
お問合せ |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
CircRNA シークエンス受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付き |
お問合せ |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| 1) |
取得データ量は、1 サンプル1Gb 単位でご指定いただけます。上記以外のデータ量をご希望の場合には、お問合せください。 |
| 2) |
海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。 |
【納期】
約 2 ヶ月（バイオインフォマティクス解析付： 約 2.5 ～ 3 ヶ月）
※納期は、QCチェック合格後となります。
※年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。 |
サービスの流れ
ご注意事項 （必ずご確認ください）
|
・ |
本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先（Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。 |
| ・ |
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。 |
| ・ |
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 |
| ・ |
サンプルの品質チェック（QCチェック）の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。 |
| ・ |
ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了後に破棄されます。） |
| ・ |
生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。 |
| ・ |
サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受入れが不能又は拒否されたりする場合もあります。 |
※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKgene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
|
