製品・サービス情報
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Biomarker Technologies社（BMKgene） 次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
全長 mRNA-Seq （Nanopore） 受託解析サービス |
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| フィルジェンでは、BMKgene社との業務提携による次世代シークエンスシング（次世代シーケンシング/NGS）/全長 mRNA-Seq (Nanopore)受託解析サービスをご提供しています。 |
 概要
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ショートリードベースの mRNA シークエンシングは、遺伝子発現を定量化するために汎用性の高いツールですが、ショートリードに依存しているため、複雑なトランスクリプトミクス解析での利用には限界があります。一方、Nanopore
シークエンシングは、ロングリード技術を採用しており、全長 mRNA 転写物のシークエンシングが可能です。このアプローチにより、選択的スプライシング、遺伝子融合、ポリアデニル化、mRNA
アイソフォームの定量化の包括的な調査が可能です。
ナノポアシークエンシングは、ナノポアの一分子リアルタイム電気信号に依存する方法で、リアルタイムで結果が得られます。モータータンパク質に誘導された二本鎖
DNA は、バイオフィルムに埋め込まれたナノポアタンパク質と結合し、電圧差の下でナノポアチャネルを通過する際にほどけます。DNA 鎖上の異なる塩基によって生成される特徴的な電気信号がリアルタイムで検出および分類され、正確で連続的に塩基配列が決定されます。この革新的なアプローチは、ショートリードの制限も克服し、複雑なトランスクリプトミクス研究を含む複雑なゲノム解析のための動的なプラットフォームを提供します。 |
 特徴
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poly-A mRNA のキャプチャーおよび cDNA 合成とライブラリー調製 |
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完全長転写産物の配列決定 |
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参照ゲノムへのアライメントに基づくバイオインフォマティクス解析 |
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データ解析に参照ゲノムは必要ありません（参照ゲノムの使用も可） |
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遺伝子レベルおよびアイソフォームレベルでの発現だけでなく、lncRNA、遺伝子融合、ポリアデニル化、遺伝子構造の分析も含まれるバイオインフォマティクス解析（有償オプション） |
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特長
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アイソフォームレベルでの発現の定量化： 詳細かつ正確な発現分析を可能にし、遺伝子発現全体の解析では隠れてしまう可能性のある変化を明らかにします。 |
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必要データ量の低減： ショートリードと比較して、ナノポアシークエンシングでは、より少ないデータ量で、同等の遺伝子発現定量の飽和レベルを実現できます。 |
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発現定量の精度向上： 遺伝子レベルとアイソフォームレベルの両方 |
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追加のトランスクリプトーム情報の同定： 代替ポリアデニル化、融合遺伝子、lncRNA とそのターゲット遺伝子 |
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豊富な専門知識： BMKgene では、850 以上の Nanopore 全長トランスクリプトームプロジェクトを完了し、80,100 を超えるサンプルの処理実績があります。 |
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解析完了後のサポート： プロジェクト完了後 3 か月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問・ご質問にご対応いたします。 |
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 サービス内容
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ご送付頂いた RNA サンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。
【シークエンスパラメーターとデータ解析内容】
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| シークエンス条件 |
Nanopore PromethION 48 |
| ライブラリータイプ |
Poly A enriched |
| 推奨データ出力量 |
6/12 Gb |
| データ品質管理 |
Average quality score： Q10 |
| データ解析 |
1. Raw データ処理
2. 転写産物の同定
3. 選択的スプライシング解析
4. 遺伝子レベルおよびアイソフォームレベルでの発現定量
5. 発現変動解析
6. 機能アノテーションとエンリッチメント（DEGs および DETs）解析 |
| ※ |
推奨データ出力量は、参考値です。 |
| ※ |
QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。 |
| ※ |
パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。 |
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【作業内容】
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1. サンプル QC チェック
2. ライブラリー作製
3. シークエンス作製
4. バイオインフォマティクス解析（有償オプション） |
【解析データ例】
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Alternative splicing analysis
Alternative Polyadenylation Analysis (APA)
lncRNA prediction
Annotation of novel genes
Clustering of DETs
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納品物
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・サンプル QC レポート
・FASTQ 形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合）
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。 |
 サンプル条件
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| サンプル種類 |
必要量 |
RIN（Agilent2100） |
純度（NanoDropTM） |
| Total RNA |
≧2.0μg
液量：≧20μL
濃度：≧100ng/μL |
植物：RIN≧6.0；
動物：RIN≧8.0；
5.0≧28S/18S≧1.0；
limited or no baseline elevation |
O.D.260/280：1.7-2.5
O.D.260/230：0.5-2.5
limited or no protein or DNA
contamination shown on gel |
| ※ |
Total RNA 抽出からの作業をご希望の場合は、お問合せください。 |
| 1. |
DNase, RNase フリーの 1.5mL または 2mL（推奨）のチューブを使用してください。 |
| 2. |
Total RNA は、RNase-free H2O に溶解し、-80℃以下で保存してください。 |
| 3. |
DNase 処理を行うことを強く推奨します。 |
| 4. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
| 5. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 |
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価格・納期
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【価格】
| サービス名 |
データ量/リード数 |
サンプル数 |
税別単価 1） |
型番 |
| 全mRNAシークエンス（Nanopore）受託解析サービス |
お問合せ |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
全mRNAシークエンス（Nanopore）受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付き |
お問合せ |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| 1) |
海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。 |
【納期】
約 2 ヶ月（バイオインフォマティクス解析付： 約 2.5～3 ヶ月）
※納期は、QCチェック合格後となります。
※年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。 |
サービスの流れ
ご注意事項 （必ずご確認ください）
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本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先（Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。 |
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本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。 |
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やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 |
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サンプルの品質チェック（QCチェック）の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。 |
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ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了後に破棄されます。） |
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生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。 |
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サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受入れが不能又は拒否されたりする場合もあります。 |
※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKgene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
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