製品・サービス情報
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Biomarker Technologies社(BMKgene) 次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
Exosomal Small RNA-Seq 受託解析サービス |
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フィルジェンでは、BMKgene社との業務提携による次世代シークエンスシング(次世代シーケンシング/NGS)/Exosomal Small RNA-Seq
受託解析サービスをご提供しています。 |
概要
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Small RNA (sRNA) 分子には、microRNAs (miRNA)、small interfering RNAs (siRNA)、および
piwi-interacting RNAs (piRNA) が含まれます。これらのうち、約 18-25 ヌクレオチドの長さの miRNA は、様々な細胞プロセスにおける極めて重要な調節的役割において、特に注目されています。組織特異的および段階特異的な発現パターンを持つ
miRNA は、異なる生物種間で高い保存性を示します。
エクソソームとは、細胞から分泌される小胞のことで、直径は通常 30~100 ナノメートルです。この小胞には様々な RNA が含まれています。エクソソームに含まれる
RNA の種類の中で最も一般的で広く研究されているのは、microRNA (miRNA) です。miRNA は、約 18-25 ヌクレオチドの長さのノンコーディング
small RNA の一種です。miRNA は、標的 mRNA の 3' 非翻訳領域(3' UTR)に結合することにより、転写後遺伝子サイレンシングrを仲介し、遺伝子発現を制御します。例えば、ある特定の腫瘍細胞から分泌されるエクソソームには、miR-126
や miR-92a など特異的な miRNA が含まれています。これらの miRNA は、受容細胞での遺伝子発現に影響を与え、腫瘍の血管新生を促進します(Tomohiro
Umezu, et al., Oncogene, 2012)。 |
特徴
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Exosomal total RNA をインプットサンプルとして使用。精製の際、miRNA を分離するため、miRNA Beads を使用。 |
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miRNA 予測とその標的を中心としたバイオインフォマティクス解析(有償オプション) |
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特長
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厳格な品質管理: サンプルおよびライブラリーの調製からシークエンシング、バイオインフォマティクスに至るまで、すべての段階にわたって管理ポイントを導入しています。この綿密なモニタリングにより、一貫して高品質の結果の提供を可能にします。 |
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包括的なバイオインフォマティクス分析:既知および新規の miRNA の同定、miRNA ターゲットの識別、および機能アノテーション付けと複数のデータベース(KEGG、GO)によるエンリッチメントを可能にします。 |
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解析完了後のサポート: プロジェクト完了後 3 か月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問・ご質問にご対応いたします。 |
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サービス内容
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ご送付頂いた RNA サンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。
【シークエンスパラメーターとデータ解析内容】
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シークエンス条件 |
Illumina NovaSeq, PE50 |
ライブラリータイプ |
Exosome miRNA isolation |
推奨データ出力量 |
10M - 20M reads |
データ品質管理 |
Q30≧85% |
データ解析 |

1. データQC
2. sRNA の分類
3. 参照ゲノムへのアライメント
4. 既知および新規 miRNA の同定
5. miRNA の発現差解析
6. miRNA ターゲットの機能アノテーション |
※ |
推奨データ出力量は、参考値です。 |
※ |
QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。 |
※ |
パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。 |
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【作業内容】
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1. サンプル QC チェック
2. ライブラリー作製
3. シークエンス作製
4. バイオインフォマティクス解析(有償オプション) |
【解析データ例】
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Identification of miRNA: structure and depth

Differentially expression of miRNA - hiearchical clustering

Functional annotation of target of defferentially expressed miRNAs

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納品物
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・サンプル QC レポート
・FASTQ 形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ(バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合)
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。 |
サンプル条件
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サンプル種類 |
必要量 |
Exosomal total RNA |
≧80ng
液量:≧40μL
濃度:≧2ng/μL |
※ |
Exsomal total RNA 抽出からの作業をご希望の場合は、お問合せください。 |
1. |
DNase, RNase フリーの 1.5mL または 2mL(推奨)のチューブを使用してください。 |
2. |
Total RNA は、RNase-free H2O に溶解し、-80℃以下で保存してください。 |
3. |
DNase 処理を行うことを強く推奨します。 |
4. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
5. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 |
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価格・納期
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【価格】
サービス名 |
リード数 1) |
サンプル数 |
税別単価 2) |
型番 |
Exosomal Small RNA-Seq 受託解析サービス |
10M reads |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
20M reads |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
Exosomal Small RNA-Seq 受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付き |
10M reads |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
20M reads |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
1) |
取得データ量は、1 サンプル1Gb 単位でご指定いただけます。上記以外のデータ量をご希望の場合には、お問合せください。 |
2) |
海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。 |
【納期】
約 2 ヶ月(バイオインフォマティクス解析付: 約 2.5 ~ 3 ヶ月)
※納期は、QCチェック合格後となります。
※年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。 |
サービスの流れ
ご注意事項 (必ずご確認ください)

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本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先(Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。 |
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本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。 |
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やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 |
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サンプルの品質チェック(QCチェック)の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。 |
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ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。(サンプルは解析終了後に破棄されます。) |
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生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。 |
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サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受入れが不能又は拒否されたりする場合もあります。 |
※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKgene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
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