製品・サービス情報
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Biomarker Technologies社（BMKgene） 次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
ChIP-Seq 受託解析サービス |
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| フィルジェンでは、BMKgene社との業務提携による次世代シークエンスシング（次世代シーケンシング/NGS）/ChIP-Seq 受託解析サービスをご提供しています。 |
 概要
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クロマチン免疫沈降法（Chromatin Immunoprecipitation： ChIP）は、抗体を利用して DNA 結合タンパク質とそれに対応するゲノムターゲットを選択的に濃縮する技術です。NGSとの組み合わせにより、ヒストン修飾、転写因子、その他の
DNA 結合タンパク質に関連する DNA ターゲットのゲノムワイドなプロファイリングが可能になります。この動的なアプローチにより、様々な細胞種、組織、状態における結合部位の比較が可能になります。ChIP-Seq
の用途は、転写制御や発生経路の研究から疾患メカニズムの解明まで多岐にわたり、ゲノム制御のランドスケープを理解し、治療に関する知見の進展に欠かせないツールとなっています。 |
 特長
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タンパク質と DNA の結合領域に関連する遺伝子に機能アノテーションを付け、相互作用の根底にある細胞および分子プロセスに関する洞察を提供します。 |
| ◆ |
厳格な品質管理：
サンプルおよびライブラリーの調製からシークエンシングそしてバイオインフォマティクスに至るまで、すべての段階においてコア管理ポイントを導入しています。この綿密なモニタリングにより、一貫して高品質の結果を提供します。 |
| ◆ |
豊富な専門知識： BMKgene は、多数の ChIP-Seq プロジェクトの実績を持ち、10 年以上の専門知識を蓄積してきました。高度な技術を有する解析チームと包括的なコンテンツで、様々なプロジェクトの成功を導きます。 |
| ◆ |
解析完了後のサポート： プロジェクト完了後 3 か月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問・ご質問にご対応いたします。 |
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 サービス内容
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ご送付頂いた DNA サンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。
【シークエンス内容】
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| ライブラリー種類 |
シークエンス条件 |
推奨データ出力量 |
データQC |
| 免疫沈降後の精製 DNA |
Illumina PE150 |
10 Gb |
Q30≧85% |
※推奨データ出力量は、参考値です。
※QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。 |
【データ解析内容】
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以下の解析が含まれます。
| 1. |
Raw シークエンスデータの品質管理 |
| 2. |
参照ゲノムへのマッピングに基づくピークコール |
| 3. |
ピーク関連遺伝子のアノテーション |
| 4. |
モチーフ解析： 転写因子結合部位（TFBS）の同定 |
| 5. |
差分ピーク解析とアノテーション |
※パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。 |
【作業内容】
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1. サンプル QC チェック
2. ライブラリー作製
3. シークエンス作業
4. バイオインフォマティクス解析（有償オプション） |
【解析データ例】
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Evaluation of enrichment near Transcription Starting Sites(TSSs)
Genome-wide distribution of ChIP Peaks
Classification of peak regions
Functional enrichment of peak-related genes (KEGG)
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納品物
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・サンプル QC レポート
・FASTQ 形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合）
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。 |
 サンプル条件
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| サンプル種類 |
濃度 |
総量 |
追加要件 |
| ChIP enriched DNA fragments |
≧2 ng/μL |
≧40 ng |
Mean peak at 100-750bp |
| ※ |
gDNA 抽出からの作業をご希望の場合は、お問合せください。 |
| 1. |
DNase, RNase フリーの 1.5mL または 2mL（推奨）のチューブを使用してください。 |
| 2. |
Nuclease-free water または TE Buffer にて -80℃ 以下で保存してください。 |
| 3. |
UV スペクトルベースの濃度測定法では、DNA 濃度が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。 |
| 4. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
| 5. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 |
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価格・納期
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【価格】
| サービス名 |
データ量/リード数 |
サンプル数 |
税別単価 1） |
型番 |
| ChIP-Seq 受託解析サービス |
お問合せ |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
ChIP-Seq 受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付き（IP サンプルのみ） |
お問合せ |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
ChIP-Seq 受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付き（IP＋input） |
お問合せ |
2サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| 1) |
上記以外のデータ量をご希望の場合には、お問合せください。 |
| 2) |
海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。 |
【納期】
約 2～2.5 ヶ月（バイオインフォマティクス解析付： 約 2.5～3 ヶ月）
※納期は、QCチェック合格後となります。
※年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。 |
サービスの流れ
ご注意事項 （必ずご確認ください）
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本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先（Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。 |
| ・ |
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。 |
| ・ |
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 |
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サンプルの品質チェック（QCチェック）の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。 |
| ・ |
ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了後に破棄されます。） |
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生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。 |
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サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受入れが不能又は拒否されたりする場合もあります。 |
※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKgene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
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