製品・サービス情報
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Biomarker Technologies社（BMKgene） 次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
Hi-C Genome Assembly 受託解析サービス |
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| フィルジェンでは、BMKgene社との業務提携による次世代シークエンスシング（次世代シーケンシング/NGS）/Hi-C Genome Assembly
受託解析サービスをご提供しています。 |
 概要
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Hi-C シークエンスは、近接性に基づく相互作用の探査とハイスループットシークエンスを組み合わせることで、染色体の配置を把握するためにデザインされた手法です。相互作用の強度は、染色体上の物理的距離と負の相関があると考えられています。従って、Hi-C
データは、ドラフトゲノム内のアセンブルされたコンティグのクラスタリング、順序付け、方向付けをガイドし、それらを特定の染色体に割り当てるために使用されます。この技術は、集団ベースの遺伝マップがない場合でも、染色体レベルのゲノムアセンブリを可能にします。Hi-C
はあらゆるゲノムに有効です。
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 特徴
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シークエンス条件： illumina Novaseq, PE150 |
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組織サンプルで受入れ： ホルムアルデヒドで Cross-link し、DNA とタンパク質の相互作用を保存 |
| ◆ |
Hi-C 実験では、制限酵素による切断、そして付着末端の修復が行われ、その際にビオチンが付加されます。その後、相互作用を保持したまま、得られた平滑末端を環状化します。続いて
DNA はストレプトアビジンビーズでプルダウンされ、その後のライブラリー調製のために精製されます。 |
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 特長
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HiC の概要（Lieberman-Aiden E et al., Science, 2009） |
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遺伝子集団データの必要性を排除： Hi-C は、コンティグのアンカリングに必要不可欠な情報を代替 |
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高いマーカー密度： 90％ を超える高いコンティグアンカリング率を実現 |
| ◆ |
豊富な専門知識と実績： BMKGene は、1,000 の異なる生物種に対する 2,000 例以上の Hi-C ゲノムアセンブリの豊富な経験と、様々な特許を保有しています。200
件を超える出版事例の累積インパクトファクターは、2,000 を超えています。 |
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熟練のバイオインフォマティクスチーム： Hi-C 実験とデータ解析に関する特許と、著作権を持つ独自開発の視覚化データソフトウェアにより、手動でのブロック移動、反転、取り消し、やり直しが可能です。 |
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包括的アノテーション： 複数のデータベースを使用して、同定された変異を持つ遺伝子の機能的アノテーション付加、対応するエンリッチメント解析を行うことで、複数の研究プロジェクトに関する洞察を提供します。 |
| ◆ |
解析完了後のサポート： プロジェクト完了後 3 ヶ月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問やご質問に対応致します。 |
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 サービス内容
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ご送付頂いた DNA サンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。
【シークエンス内容】
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| ライブラリー調製 |
シークエンス条件 |
推奨シークエンス深度 |
品質管理 |
| Hi-C ライブラリー |
illumina Novaseq PE150 |
100x |
Q30≧85％ |
| ※ |
推奨シークエンス深度は、参考値です。 |
| ※ |
QC チェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。 |
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【データ解析内容】
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1. データQC
2. Hi-C ライブラリー QC： 有効な Hi-C 相互作用の推定
3. Hi-C アセンブリー： グループ内のコンティグのクラスタリング、各グループ内でのコンティグの順序付けおよびコンティグの方向の割り当て
4. Hi-C 評価
※パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプアインの変更・更新等により、変更される場合があります。 |
【作業内容】
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1. サンプル QC チェック
2. ライブラリー作製
3. シークエンス作業
4. バイオインフォマティクス解析（有償オプション） |
【解析データ例】
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Hi-C Library QC - estimation of Hi-C valid interaction pairs
Hi-C Assembly - statistics
Post-assembly evaluation - heatmap of signal intensity between bins
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納品物
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・サンプル QC レポート
・FASTQ 形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。 |
サンプル条件
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| サンプル種類 |
必要量 |
| 動物の内容 |
≧2g |
| 動物の筋肉 |
| 哺乳類の血液 |
≧2mL |
| 家禽/魚の血液 |
| 植物-新鮮な葉 |
≧3g |
| 培養細胞 |
≧1x107 |
| 昆虫 |
≧2g |
| 1. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
| 2. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 |
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価格・納期
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【価格】
| サービス名 |
データ量 1) |
サンプル数 |
税別単価 2） |
カタログ＃ |
| Hi-C Genome Assembly 受託解析サービス |
100x |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
Hi-C Genome Assembly 受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付き |
100x |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| 1) |
上記以外のデータ量をご希望の場合には、お問合せください。 |
| 2) |
海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。 |
【納期】
約 3 ヶ月（バイオインフォマティクス解析付き：約 4～4.5 ヶ月）
※納期は、QCチェック合格後となります。
※年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。 |
サービスの流れ
ご注意事項 （必ずご確認ください）
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本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先（Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。 |
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本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。 |
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やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 |
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サンプルの品質チェック（QCチェック）の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。 |
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ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了後に破棄されます。） |
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生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。 |
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サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受入れが不能又は拒否されたりする場合もあります。 |
※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKgene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
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