製品・サービス情報
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Biomarker Technologies社（BMKgene） 次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
全ゲノムバイサルファイトシークエンス（WGBS) 受託解析サービス |
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| フィルジェンでは、BMKgene社との業務提携による次世代シークエンスシング（次世代シーケンシング/NGS）/全ゲノムバイサルファイトシークエンス（WGBS）受託解析サービスをご提供しています。 |
 概要
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全ゲノムバイサルファイトシークエンス（Whole Genome Bisulfite Sequencing： WGBS）は、DNAメチル化、特に遺伝子発現と細胞活動の極めて重要な制御因子であるシトシンの
5 位（5-mC）を詳細に調査するためのゴールドスタンダートな手法です。
WGBS の基本原理は、バイサルファイト処理によってメチル化されていないシトシンをウラシル（C→U）に変換する一方、メチル化されたシトシンはそのまま残すというものです。この技術は一塩基の解像度を有するため、メチロールを包括的に調査し、癌をはじめとする様々な病態に関する異常なメチル化パターンを明らかにすることができます。WGBS
を用いることで、ゲノム全体のメチル化ランドスケープに関する比類ない洞察を得ることができ、多様な生物学的プロセスと疾患の根底にあるエピジェネティックなメカニズムについてわずかな差異を理解することができます。 |
 特徴
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解析には参照ゲノムが必要 |
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バイサルファイト変換効率をモニターするために、λDNA を添加 |
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illumina Novaseq によるシークエンシング |
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特長
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DNA メチル化研究のゴールドスタンダード：
この成熟したメチル化変換処理技術は、高精度で高い再現性を有します。 |
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広いカバレッジと一塩基分解能：
ゲノムワイドなレベルでメチル化部位を検出します。 |
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完全なプラットフォーム：
サンプル処理、ライブラリー構築、シークエンシングからバイオインフォマティクス分析まで、ワンストップで優れたサービスを提供します。 |
| ◆ |
豊富な専門知識：
様々な種における WGBS プロジェクトを成功裏に完了した BMKgene は、10 年以上にわたる経験、高度なスキルを持つ解析チーム、包括的なコンテンツを提供します。 |
| ◆ |
トランスクリプトミクス解析との連携の可能性：
WGBS と RNA-Seq などの他のオミクスデータの統合分析が可能です（ご希望の場合はご相談ください）。 |
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解析完了後のサポート：
プロジェクト完了後 3 ヶ月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問・ご質問にご対応いたします。 |
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 サービス内容
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ご送付頂いた DNA サンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。
【シークエンス内容】
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| ライブラリー種類 |
シークエンス条件 |
推奨データ出力量 |
データQC |
| バイサルファイト処理 |
Illumina PE150 |
30x depth |
Q30≧85%
Bisulfite conversion＞99% |
※推奨データ出力量は、参考値です。
※QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。 |
【データ解析内容】
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以下の解析が含まれます。
| 1. |
Raw シークエンスデータの品質管理 |
| 2. |
参照ゲノムへのマッピング |
| 3. |
5mC メチル化塩基の検出 |
| 4. |
メチル化分布の解析とアノテーション |
| 5. |
差次的メチル化領域（DMR）の解析 |
| 6. |
DMR に関連する遺伝子の機能アノテーション |
| ※ |
パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。 |
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【作業内容】
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1. サンプル QC チェック
2. ライブラリー作製
3. シークエンス作業
4. バイオインフォマティクス解析（有償オプション） |
【解析データ例】
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5mC methylation detection： types of methylated sites
Methylation map. 5mC methylation genome-wide distribution
Annotation of highly methylated regions
Methylation map. 5mC methylation genome-wide destribution
Differentially Methylated Regions： annotation of associated genes (Gene
Ontology)
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納品物
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・サンプル QC レポート
・FASTQ 形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析付きの場合）
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。 |
 サンプル条件
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| サンプル種類 |
濃度 |
総量 |
純度（NanoDropTM） |
| Genomic DNA |
≧5 ng/μL |
≧800 ng |
limited degradation or contamination |
| ※ |
gDNA 抽出からの作業をご希望の場合は、お問合せください。 |
| 1. |
DNase, RNase フリーの 1.5mL または 2mL（推奨）のチューブを使用してください。 |
| 2. |
Nuclease-free water または TE Buffer にて -80℃ 以下で保存してください。 |
| 3. |
RNase 処理を行い、DNA が分解されていないことを確認してください。 |
| 4. |
UVスペクトルベースの濃度測定法では、DNA 濃度が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。 |
| 5. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
| 6. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 |
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価格・納期
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【価格】
| サービス名 |
データ量 1) |
サンプル数 |
税別単価 2） |
型番 |
| 全ゲノムバイサルファイトシークエンス受託解析サービス |
お問合せ |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
全ゲノムバイサルファイトシークエンス受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付き |
お問合せ |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| 1) |
上記以外のデータ量をご希望の場合には、お問合せください。 |
| 2) |
海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。 |
【納期】
約 2～2.5 ヶ月（バイオインフォマティクス解析付きの場合：お問合せ）
※納期は、QCチェック合格後となります。
※年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。 |
サービスの流れ
ご注意事項 （必ずご確認ください）
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本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先（Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。 |
| ・ |
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。 |
| ・ |
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 |
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サンプルの品質チェック（QCチェック）の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。 |
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ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了後に破棄されます。） |
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生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。 |
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サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受入れが不能又は拒否されたりする場合もあります。 |
※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKgene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
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