製品・サービス情報
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Biomarker Technologies社（BMKgene） 次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
全トランスクリプトームシークエンス 受託解析サービス |
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| フィルジェンでは、BMKgene社との業務提携による次世代シークエンスシング（次世代シーケンシング/NGS）/全トランスクリプトームシークエンス受託解析サービスをご提供しています。 |
 概要
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全トランスクリプトームシークエンシングは、コーディング RNA (mRNA) とノンコーディング RNA (lncRNA、circRNA、miRNA）を含む多様な
RNA 分子のプロファイリングに対する包括的なアプローチを提供します。この技術は、ある特定の瞬間の特定の細胞のトランスクリプトーム全体を捉え、細胞プロセスの全体的な理解を可能にします。「Total
RNA シークエンシング」とも呼ばれるこの技術は、トランスクリプトームレベルで複雑な制御ネットワークを明らかにすることを目的としており、競合する内因性
RNA (competing endogenous RNA； ceRNA）とそれらに結合ｓるう RNA などの詳細な解析を可能にします。これは、特に
circRNA-miRNA-mRNA ベースの ceRNA 相互作用が関与する制御ネットワークの解明において、機能特性評価への第一歩となります。 |
 特徴
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完全なトランスクリプトームをシークエンスするためのデュアルライブラリー： rRNA 除去による PE150 ライブラリー調製とサイズ選択による
SE50 ライブラリー調製 |
| ◆ |
mRNA、lncRNA、circRNA および miRNA の完全なバイオインフォマティクス解析について、個別のバイオインフォマティクスレポートを提供 |
| ◆ |
ceRNA ネットワーク分析を含む、すべての RNA 発現を統合解析（統合レポート） |
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特長
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制御ネットワークの詳細な解析： mRNA、lncRNA、circRNA、miRNA の統合シークエンスと徹底的なバイオインフォマティクスワークフローによって、ceRNA
ネットワーク解析を可能にしました。 |
| ◆ |
包括的なアノテーション： 複数のデータベースを用いて、発現変動遺伝子（Differentially Expressed Genes； DEGs）に機能アノテーションを付け、対応するエンリッチメント分析を実行することで、トランスクリプトーム応答の根底にある細胞および分子プロセスに関する洞察を提供します。 |
| ◆ |
豊富な専門知識： BMKgene では、様々な研究領域における 2,100 件を超える全トランスクリプトームプロジェクトの成功実績があります。この豊富な経験をあらゆるプロジェクトに活かします。 |
| ◆ |
解析完了後のサポート： プロジェクト完了後 3 か月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問・ご質問にご対応いたします。 |
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 サービス内容
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ご送付頂いた RNA サンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。
【シークエンスパラメーターとデータ解析内容】
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| ライブラリータイプ |
シークエンス条件 |
推奨データ出力量 |
データ品質管理 |
| rRNA depleted |
Illumina PE150 |
16Gb |
Q30>85％ |
| Size selected |
Illumina SE50 |
10-20M reads |
| データ解析 |
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| ※ |
推奨データ出力量は、参考値です。 |
| ※ |
QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。 |
| ※ |
パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。 |
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【作業内容】
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1. サンプル QC チェック
2. ライブラリー作製
3. シークエンス作製
4. バイオインフォマティクス解析（有償オプション） |
【解析データ例】
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RNA expression overview
Differential Expressed genes
ceRNA analysis
Differentially expressed miRNAs and related RNAs
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納品物
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・サンプル QC レポート
・FASTQ 形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合）
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。 |
 サンプル条件
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| サンプル種類 |
必要量 |
RIN（Agilent2100） |
純度（NanoDropTM） |
| Total RNA |
≧2.4μg
液量：≧30μL
濃度：≧80ng/μL |
RIN≧6.0；
5.0≧28S/18S≧1.0；
limited or no baseline elevation |
O.D.260/280：1.7-2.5
O.D.260/230：0.5-2.5
limited or no protein or DNA
contamination shown on gel |
| ※ |
Total RNA 抽出からの作業をご希望の場合は、お問合せください。 |
| 1. |
DNase, RNase フリーの 1.5mL または 2mL（推奨）のチューブを使用してください。 |
| 2. |
Total RNA は、RNase-free H2O に溶解し、-80℃以下で保存してください。 |
| 3. |
DNase 処理を行うことを強く推奨します。 |
| 4. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
| 5. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 |
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価格・納期
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【価格】
| サービス名 |
データ量/リード数 |
サンプル数 |
税別単価 1） |
型番 |
| 全トランスクリプトームシークエンス受託解析サービス |
お問合せ |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
全トランスクリプトームシークエンス受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付き |
お問合せ |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| 1) |
海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。 |
【納期】
約 2.5 ヶ月（バイオインフォマティクス解析付： 約 3～3.5 ヶ月）
※納期は、QCチェック合格後となります。
※年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。 |
サービスの流れ
ご注意事項 （必ずご確認ください）
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本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先（Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。 |
| ・ |
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。 |
| ・ |
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 |
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サンプルの品質チェック（QCチェック）の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。 |
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ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了後に破棄されます。） |
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生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。 |
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サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受入れが不能又は拒否されたりする場合もあります。 |
※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKgene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
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