製品・サービス情報
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Biomarker Technologies社（BMKgene） 次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
メタトランスクリプトームシークエンス 受託解析サービス |
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| フィルジェンでは、BMKgene社との業務提携による次世代シークエンスシング（次世代シーケンシング/NGS）/メタトランスクリプトームシークエンス受託解析サービスをご提供しています。 |
 概要
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メタトランスクリプトームシークエンスサービスは、土壌、水、海水、糞便、腸内といった自然環境における真核生物から原核生物、ウイルスに至るまで、多様な微生物の動的な遺伝子発現を明らかにします。包括的なサービスにより、複雑な微生物群集の遺伝子発現プロファイルを詳細に解析することが可能です。本サービスは、分類学的解析に加え、機能エンリッチメントの探究を促進し、発現レベルが異なる遺伝子とその役割を解明します。多様な環境ニッチにおける遺伝子発現、分類学的多様性、機能的ダイナミクスの複雑なランドスケープを探求することで、豊富な生物学的知見が得られます。
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 特徴
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ｒRNA 除去およびストランド特異性ライブラリー調製 |
| ◆ |
illumina NovaSeq によるシークエンシング |
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特長
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複雑な微生物群集の変化を研究： 転写レベルで研究し、潜在的な新規遺伝子を探索します。 |
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微生物群集と宿主または環境との相互作用を解明します。 |
| ◆ |
包括的なバイオインフォマティクス解析： 群衆の分類学的および機能的構成、ならびに遺伝子発現の差分解析に関する知見を提供します。 |
| ◆ |
広範な遺伝子アノテーション： 最新の遺伝子機能データベースを用いて、微生物群集の有益な遺伝子発現情報を提供します。 |
| ◆ |
解析完了後のサポート： プロジェクト完了後 3 か月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問・ご質問にご対応いたします。 |
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 サービス内容
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ご送付頂いた RNA サンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。
【シークエンスパラメーターとデータ解析内容】
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| シークエンスプラットフォーム |
Illumina NovaSeq X/X Plus |
| ライブラリータイプ |
rRNA depleted directional library |
| リード長 |
Paired-end 150 bp |
| 推奨データ出力量 |
12Gb |
| データ品質管理 |
Q30≧85％ |
| データ解析 |
1. シークエンスデータ QC
2. 転写産物アセンブリー
3. 分類学的アノテーションと存在量
4. 機能アノテーションと存在量
5. 発現定量化と差分解析 |
※推奨データ出力量は、参考値です。
※QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
※パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。 |
【作業内容】
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1. サンプル QC チェック
2. mRNA 濃縮
3. ライブラリー作製
4. シークエンス作業
5. バイオインフォマティクス解析（有償オプション） |
【解析データ例（参照ゲノム配列あり）】
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Taxonomic distribution of each sample
Beta diversity analysis： UPGMA
Functional annotation - GO abundance
Differential taxonomy abundance - LEFSE
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納品物
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・サンプル QC レポート
・FASTQ 形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合）
・プロジェクトレポート
※USB等の記録メディアにて納品いたします。
※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。 |
 サンプル条件
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| サンプルタイプ |
必要量 |
純度 |
RIN |
| Total RNA |
濃度：≧50ng/μL
量：≧2μg
液量≧40μL |
O.D.260/280=1.8-2.0
O.D.260/230=1.0-2.5
Limited or no protein or DNA contamination shown on gel. |
RIN≧6.5 |
| ※ |
Total RNA 抽出からの作業をご希望の場合はお問合せください。 |
| 1. |
DNase, RNase フリーの 1.5mL または 2mL（推奨）のチューブを使用してください。 |
| 2. |
Total RNA は、RNase-free H2O に溶解し、-80℃で保存してください。 |
| 3. |
DNase 処理を行うことを強く推奨します。 |
| 4. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
| 5. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 |
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価格・納期
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【価格】
| サービス名 |
データ量 1） |
サンプル数 |
税別単価 2） |
型番 |
| メタトランスクリプトームシークエンス受託解析サービス |
12Gb |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
メタトランスクリプトームシークエンス受託解析サービス
（真核生物 rRNA 除去含む） |
12Gb |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
メタトランスクリプトームシークエンス受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付き |
12Gb |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
メタトランスクリプトームシークエンス受託解析サービス
（真核生物 rRNA 除去含む）
バイオインフォマティクス解析付き |
12Gb |
1サンプル以上 |
お問合せ |
お問合せ |
| 1) |
取得データ量は、1 サンプル 1Gb 単位でご指定頂けます。上記以外のデータ量をご希望の場合にはお問合せください。 |
| 2) |
海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。 |
【納期】
約 2.5 ヶ月（バイオインフォマティクス解析付： 約 3～3.5 ヶ月）
※納期は、QCチェック合格後となります。
※年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。 |
サービスの流れ
ご注意事項 （必ずご確認ください）
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本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先（Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。 |
| ・ |
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。 |
| ・ |
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 |
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サンプルの品質チェック（QCチェック）の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。 |
| ・ |
ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了後に破棄されます。） |
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生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。 |
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サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受入れが不能又は拒否されたりする場合もあります。 |
※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKgene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
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