製品情報・受託サービス情報 What's New!　製品・サービス情報　ダウンロード　e-mail_news登録　　　　 会社情報 概要　ミッション　アクセス　リクルート　連絡先　ビジネスパートナー　ライセンス　個人情報保護方針 Home＞製品・サービス情報＞受託サービス＞次世代シークエンシング（概要）＞16S/18S/ITSアンプリコンシークエンス受託解析サービス(PacBio) 製品・サービス情報 　　 受託サービス サービス別ラインナップ ・次世代シークエンシング + 概要 + 受託解析サービスの流れ + QCシート 対応アプリケーション + シングルセル解析 ・ シングルセルシークエンス ・ snRNA-Seq (10X Genomics Chromium) + 遺伝子パネル解析 ・ ヒト全エクソームシークエンス ・ カスタムターゲットエンリッチメント ・ リキッドバイオプシー用 OptiSeq がんパネル解析サービス + 空間トランスクリプトーム解析 ・ BMKMANU ・ 10x Genomics Visium + トランスクリプトミクス解析 ・ 真核生物用 RNA-Seq ・ 原核生物用 RNA-Seq ・ メタトランスクリプトームシークエンス ・ CircRNA-Seq ・ Exosome Small RNA-Seq ・ PacBio Iso-Seq ・ Long non-coding RNA-Seq ・ Small RNA-Seq ・ 全トランスクリプトームシークエンス ・ 全長mRNA-Seq(Nanopore) + トランスラトミクス解析 ・ Ribosome Profiling + エピゲノミクス解析 ・ tRNA-Seq ・ tRF＆tiRNA-Seq ・ (h)MeDIP-Seq with LncRNA Promoter ・ エピトランスクリプトームシークエンス ・ R-loop profiling ・ eccDNA-Seq ・ 全ゲノムバイサルファイトシークエンス（WGBS） ・ ChIP-Seq ・ RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing） ・ ATAC-Seq ・ Hi-C クロマチン相互作用 + ゲノミクス解析 ・ ヒト/動植物全ゲノムシークエンス ・ 動植物 de novo ゲノムシークエンス ・ ゲノムワイド関連シークエンス ・ Hi-C Genome Assembly ・ SLAF-Seq + マイクロバイオミクス解析 ・ ショットガンメタゲノムシークエンス ・ メタゲノムシークエンス（ロングリード） ・ 16S/18S/ITS アンプリコンシークエンス（ショートリード） ・ 16S/18S/ITS アンプリコンシークエンス（Pacbio） ・ 細菌/真菌ゲノムリシークエンス ・ 細菌ゲノム de novo assembly ・ 真菌ゲノム de novo assembly + Hi-Cシークエンス解析 ・ Proximo Hi-C Genome Scaffolding ・ ProxiMeta Hi-C Metagenome Deconvolution ・ CytoTerra Cytogenomics ・ OncoTerra Oncology + 抗原特異的プロファイリング ・ HuScan PhIP-Seq Antibody Profiling 解析 ・ MouseScan PhIP-Seq Antibody Profiling 解析 + Reptor 免疫レパートリーシークエンス解析 ・ Hybridoma Sequencing ・ Bulk B cell Sequencing ・ Display Library Sequencing 　　 科学機器 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ 　　 試薬・材料・消耗品 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ 　　 ソフトウェア 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ Biomarker Technologies社（BMKgene）　次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス 16S/18S/ITS アンプリコンシークエンス 受託解析サービス（PacBio） フィルジェンでは、BMKgene社との業務提携による次世代シークエンスシング（次世代シーケンシング/NGS）/16S/18S/ITSアンプリコンシークエンス受託解析サービスをご提供しています。 概要 16S および 18S rRNA 遺伝子、そして内部転写スペーサー (ITS) 領域は、高度に保存された領域と高変異領域の組み合わせにより、分子フィンガープリンティングマーカーとして極めて重要な役割を果たし、原核生物および真核生物の特性評価に非常に有用なツールとなっています。これらの領域の増幅とシークエンシングは、様々な生態系における微生物の構成と多様性を調査するための、単離を必要としないアプローチを提供します。イルミナシークエンシングでは通常、16S の V3-V4 や ITS1 のような短い高変異領域をターゲットとしますが、16S、18S、ITS の全長をシークエンシングすることで、より優れた分類学的アノテーションが得られることが実証されています。この包括的なアプローチにより、正確に分類される配列の割合が向上し、種の同定にまで及ぶ解像度レベルを達成します。PacBio のシングル分子リアルタイム (Single-Molecule Real-Time: SMRT) シークエンシングプラットフォームは、全長アンプリコンをカバーする高精度ロングリード (HiFi) を提供することで、イルミナシークエンシングに匹敵する精度を実現しています。この機能により、研究者は遺伝子ランドスケープの全景観いう比類のない利点を得ることができます。カバレッジの拡大により、特に細菌や真菌のコミュニティにおける種のアノテーションの解像度が大幅に向上し、微生物集団の複雑な構造をより深く理解することを可能にします。 特徴 ◆ シークエンスプラットフォーム： PacBio Revio ◆ シークエンスモード： CCS （HiFi リード） ◆ 標的領域の増幅後、アンプリコンをタンデムリンクし、HiFi SMRT ベルライブラリーを調製 特長 ◆ 高い分類学的解像度： ショートリードアンプリコンシークエンシングに比べ、種レベルでの OTU 分類率が向上 ◆ 高精度なベースコーリング： PacBio CCS モードシークエンシング（HiFi リード） ◆ 単離不要： 環境サンプル中の微生物組成の迅速な同定 ◆ 幅広い応用： 多様な微生物群集研究 ◆ 包括的バイオインフォマティクス解析（有償オプション）： データベース、アノテーション、OTU/ASV といった多様な解析機能を搭載している最新の QIIME2 パッケージ（微生物生態学の定量的解析） ◆ 豊富な専門知識： BMKgene では、年間数千件のアンプリコンシークエンスプロジェクトを実施しており、10年以上の実績があります。熟練の技術を持つ解析チームによる包括的なコンテンツを提供します。 ◆ 解析完了後のサポート： プロジェクト完了後 3 か月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問・ご質問にご対応いたします。 サービス内容 ご送付頂いた DNA サンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。 【シークエンスパラメータ】 ライブラリー種類 Amplicon シークエンスプラットフォーム PacBio Revio 推奨データ量 10/30/50K tags (CCS) ※推奨データ量は、参考値です。 ※QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。 【データ解析内容】 以下の解析が含まれます。 1. Raw データの品質管理 2. OTU クラスタリング/ノイズ除去（ASV） 3. OTU アノテーション 4. アルファ多様性解析： シャノン、シンプソン、ACE を含む複数の指標 5. ベータ多様性解析 6. グループ間解析 7. 相関分析： 環境要因と OUT 組成および多様性の関係 8. 16S 機能遺伝子予測 ※パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。 【作業内容】 1. サンプル QC チェック 2. ライブラリー作製 3. シークエンス作業 4. バイオインフォマティクス解析（有償オプション） 【解析データ例】 Histogram of taxonomic distribution Community distribution phylogenetic tree Alpha diversity analysis： ACE beta diversity analysis： PCoA Intergroup analysis： ANOVA 納品物 ・サンプル QC レポート ・FASTQ 形式のシークエンスデータ ・バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合） ・プロジェクトレポート ※USB等の記録メディアにて納品いたします。 ※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。 サンプル条件 サンプルタイプ 量(Qubit) 液量 濃度 1) 純度（NanoDropTM) Genomicl DNA ≧2μg ≧40μL ≧20ng/μL O.D.260/280=1.6-2.5 ※ gDNA 抽出からの作業をご希望の場合はお問合せください。 ※ 色のついた不純物や粘性のある不溶性物質が含まれる DNA 溶液においては、ライブラリー調製の成功率が若干低くなります。そのため、この様なサンプルについては、基準より多めに DNA をお送りください。 1) 必要量および濃度は参考値です。出力データ量に応じて変動します。 1. DNase, RNase フリーの 1.5mL または 2mL（推奨）のチューブを使用してください。 2. gDNA は、凍結融解をできる限り避け、-20℃で TE Buffer にて保存してください。 3. RNase 処理を行い、DNA が分解されていないことを確認してください。 4. UV スペクトルベースの濃度測定法では、DNA 濃度が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。 ※UV スペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノム DNA を準備してください。 5. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 6. サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 価格・納期 【価格】 サービス名 データ量 1) サンプル数 税別単価　1） 型番 16S/18S/ITS アンプリコンシークエンス 受託解析サービス（PacBio） 50K Tags 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 100K Tags 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 300K Tags 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 16S/18S/ITS アンプリコンシークエンス 受託解析サービス（PacBio） バイオインフォマティクス解析付き 50K Tags 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 100K Tags 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 300K Tags 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 1) 海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。 ※ カスタムのアンプリコンシークエンスにも対応可能です。ご希望の増幅領域がございましたら、ご相談ください。 【納期】 　約 2～2.5 ヶ月（バイオインフォマティクス解析付： 約 2.5～3 ヶ月） 　※納期は、QCチェック合格後となります。 　※年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。 サービスの流れ 「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 ご注意事項 （必ずご確認ください） ・ 本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先（Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。 ・ 本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。 ・ やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 ・ サンプルの品質チェック（QCチェック）の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。 ・ ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了後に破棄されます。） ・ 生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。 ・ サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受入れが不能又は拒否されたりする場合もあります。 ※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKgene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。 【お問合せ】 受託解析部 Phone 052-624-4388 https://filgen.jp/ Copyright (C) Filgen, Inc.　All Rights Reserved.