製品情報・受託サービス情報 What's New!　製品・サービス情報　ダウンロード　e-mail_news登録　　　　 会社情報 概要　ミッション　アクセス　リクルート　連絡先　ビジネスパートナー　ライセンス　個人情報保護方針 Home＞製品・サービス情報＞受託サービス＞次世代シークエンシング（概要）＞メタゲノムシークエンス受託解析サービス 製品・サービス情報 　　 受託サービス サービス別ラインナップ ・次世代シークエンシング + 概要 + 受託解析サービスの流れ + QCシート 対応アプリケーション + シングルセル解析 ・ シングルセルシークエンス ・ snRNA-Seq (10X Genomics Chromium) + 遺伝子パネル解析 ・ ヒト全エクソームシークエンス ・ カスタムターゲットエンリッチメント ・ リキッドバイオプシー用 OptiSeq がんパネル解析サービス + 空間トランスクリプトーム解析 ・ BMKMANU ・ 10x Genomics Visium + トランスクリプトミクス解析 ・ 真核生物用 RNA-Seq ・ 原核生物用 RNA-Seq ・ メタトランスクリプトームシークエンス ・ CircRNA-Seq ・ Exosome Small RNA-Seq ・ PacBio Iso-Seq ・ Long non-coding RNA-Seq ・ Small RNA-Seq ・ 全トランスクリプトームシークエンス ・ 全長mRNA-Seq(Nanopore) + トランスラトミクス解析 ・ Ribosome Profiling + エピゲノミクス解析 ・ tRNA-Seq ・ tRF＆tiRNA-Seq ・ (h)MeDIP-Seq with LncRNA Promoter ・ エピトランスクリプトームシークエンス ・ R-loop profiling ・ eccDNA-Seq ・ 全ゲノムバイサルファイトシークエンス（WGBS） ・ ChIP-Seq ・ RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing） ・ ATAC-Seq ・ Hi-C クロマチン相互作用 + ゲノミクス解析 ・ ヒト/動植物全ゲノムシークエンス ・ 動植物 de novo ゲノムシークエンス ・ ゲノムワイド関連シークエンス ・ Hi-C Genome Assembly ・ SLAF-Seq + マイクロバイオミクス解析 ・ ショットガンメタゲノムシークエンス ・ メタゲノムシークエンス（ロングリード） ・ 16S/18S/ITS アンプリコンシークエンス（ショートリード） ・ 16S/18S/ITS アンプリコンシークエンス（Pacbio） ・ 細菌/真菌ゲノムリシークエンス ・ 細菌ゲノム de novo assembly ・ 真菌ゲノム de novo assembly + Hi-Cシークエンス解析 ・ Proximo Hi-C Genome Scaffolding ・ ProxiMeta Hi-C Metagenome Deconvolution ・ CytoTerra Cytogenomics ・ OncoTerra Oncology + 抗原特異的プロファイリング ・ HuScan PhIP-Seq Antibody Profiling 解析 ・ MouseScan PhIP-Seq Antibody Profiling 解析 + Reptor 免疫レパートリーシークエンス解析 ・ Hybridoma Sequencing ・ Bulk B cell Sequencing ・ Display Library Sequencing 　　 科学機器 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ 　　 試薬・材料・消耗品 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ 　　 ソフトウェア 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ Biomarker Technologies社（BMKgene）　次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス メタゲノムシークエンス 受託解析サービス（ロングリード） フィルジェンでは、BMKgene社との業務提携による次世代シークエンスシング（次世代シーケンシング/NGS）/メタゲノムシークエンス受託解析サービスをご提供しています。 概要 メタゲノムとは、環境メタゲノムやヒトメタゲノムのような、生物の混合群集の全遺伝物質の集合体です。メタゲノムには、培養可能な微生物と培養不可能な微生物の両方のゲノムが含まれています。メタゲノムシークエンシングは、分類学的プロファイリング以上の情報を提供することで、生態学的サンプルに埋め込まれた複雑なゲノムランドスケープの研究を可能にします。また、コードされている遺伝子と環境プロセスにおけるそれらの推定される役割を探索することで、機能ゲノミクスの視点も提供します。メタゲノム研究ではイルミナシークエンシングを用いた従来のショットガンアプローチが広く用いられてきましたが、ナノポアと PacBio のロングリードシークエンシングの登場は、この分野に大きな変化をもたらしました。ナノポアおよび PacBio の技術は、下流のバイオインフォマティクス解析、特にメタゲノムアセンブリーを強化し、より連続的なアセンブリーを実現します。ナノポアベースおよび PacBio ベースのメタゲノミクスにより、複雑なマイクロバイオームから完全な閉鎖細菌ゲノムを生成することに成功したという報告があります (Moss, E. L., et al., Nature Biotech, 2020)。ナノポアリードとイルミナリードの統合は、エラー訂正のための戦略的なアプローチを提供し、ナノポア固有の低い精度を軽減します。この相乗効果のある組み合わせは、それぞれのシークエンシングプラットフォームの強みを活かし、潜在的な限界を克服する堅牢なソリューションを提供し、メタゲノム解析の精度と信頼性を向上させます。 特徴 ◆ ロングリードシークエンス： Nanopore P48 (10Kb library) または PacBio Revio (8Kb library) ◆ エラー訂正： Illumina NovaSeq (PE150 library) によるシークエンス 特長 ◆ 高品質のメタゲノムアセンブリー： より少ないコンティグで高い連続性を実現 ◆ より高い精度： 種の同定と機能遺伝子予測 ◆ アセンブリーの向上： 細菌ゲノムの単離と比較メタゲノム解析の容易化 ◆ 包括的なバイオインフォマティクス解析（有償オプション）： 分類学上の多様性だけでなく、コミュニティの機能的多様性にも焦点を当てた解析 ◆ 豊富な経験： 様々な研究領域で複数のメタゲノミクスプロジェクトを成功させ、20万サンプル以上の処理実績 ◆ 解析完了後のサポート： プロジェクト完了後 3 か月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問・ご質問にご対応いたします。 サービス内容 ご送付頂いた DNA サンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。 【シークエンスパラメータ】 シークエンスプラットフォーム シークエンス条件 推奨データ量 Illumina NovaSeq PE150 6Gb Nanopore PromethION 48 10kb 6/10Gb RacBio Revio 8kb 10/20Gb ※推奨データ量は、参考値です。 ※QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。 【データ解析内容】 例：Nanopore シークエンス 1. シークエンスデータ QC 2. メタゲノムアセンブリーと遺伝子予測 3. 遺伝子アノテーション 4. 分類学上のα多様性解析 5. 群衆の機能解析： 生物学的機能、代謝、抗生物質耐性 6. 機能的多様性と分類学的多様性の両方に関する解析 　　β多様性解析 　　グループ間解析 7. 相関分析： 環境要因と OUT 組成および多様性の関係 ※パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。 【作業内容】 1. サンプル QC チェック 2. ライブラリー作製 3. シークエンス作業 4. バイオインフォマティクス解析（有償オプション） 【解析データ例】 Non-redundant gene set distribution Gene annotation： KEGG pathway Gene annotation： eggNOG Gene annotation： CAZY carbohydrates Species correlation network 納品物 ・サンプル QC レポート ・FASTQ 形式のシークエンスデータ ・バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合） ・プロジェクトレポート ※USB等の記録メディアにて納品いたします。 ※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。 サンプル条件 ライブラリー種類 サンプルタイプ 必要量 純度 NanoDrop/Qubit （濃度比） Illumina PE150 Library Genomicl DNA 濃度：≧1ng/μL 量：≧0.12μg 液量≧40μL O.D.260/280=1.6-2.5 - Nanopore 10kb library 濃度：≧40ng/μL 量：≧4.0μg 液量≧40μL O.D.260/280=1.8-2.0 O.D.260/230=1.0-3.0 O.D.260/280=0.8-2.5 PacBio 8kb library 濃度：≧50ng/μL 量：≧20μg/cell 液量≧40μL O.D.260/280=1.8-2.0 O.D.260/230≧2.0 O.D.260/280=1.5-2.5 ※ gDNA 抽出からの作業をご希望の場合はお問合せください。 1. DNase, RNase フリーの 1.5mL または 2mL（推奨）のチューブを使用してください。 2. gDNA は、凍結融解をできる限り避け、-20℃で TE Buffer にて保存してください。 3. RNase 処理を行い、DNA が分解されていないことを確認してください。 4. UV スペクトルベースの濃度測定法では、DNA 濃度が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。 ※UV スペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノム DNA を準備してください。 5. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 6. サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 価格・納期 【価格】 サービス名 データ量 サンプル数 税別単価　1） 型番 メタゲノムシークエンス受託解析サービス（PacBio） 10Gb 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 20Gb 1サンプル以上 お問合せ お問合せ メタゲノムシークエンス受託解析サービス（PacBio） バイオインフォマティクス解析付き 10Gb 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 20Gb 1サンプル以上 お問合せ お問合せ メタゲノムシークエンス受託解析サービス（Nanopore） 6Gb 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 10Gb 1サンプル以上 お問合せ お問合せ メタゲノムシークエンス受託解析サービス（Nanopore） バイオインフォマティクス解析付き 6Gb 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 10Gb 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 1) 海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。 【納期】 　約 1.5～2 ヶ月（バイオインフォマティクス解析付： 約 2～2.5 ヶ月） 　※納期は、QCチェック合格後となります。 　※年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。 サービスの流れ 「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 ご注意事項 （必ずご確認ください） ・ 本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先（Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。 ・ 本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。 ・ やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 ・ サンプルの品質チェック（QCチェック）の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。 ・ ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了後に破棄されます。） ・ 生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。 ・ サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受入れが不能又は拒否されたりする場合もあります。 ※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKgene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。 【お問合せ】 受託解析部 Phone 052-624-4388 https://filgen.jp/ Copyright (C) Filgen, Inc.　All Rights Reserved.