製品情報・受託サービス情報 What's New!　製品・サービス情報　ダウンロード　e-mail_news登録　　　　 会社情報 概要　ミッション　アクセス　リクルート　連絡先　ビジネスパートナー　ライセンス　個人情報保護方針 Home＞製品・サービス情報＞受託サービス＞次世代シークエンシング（概要）＞真菌ゲノム de novo assembly 受託解析サービス 製品・サービス情報 　　 受託サービス サービス別ラインナップ ・次世代シークエンシング + 概要 + 受託解析サービスの流れ + QCシート 対応アプリケーション + シングルセル解析 ・ シングルセルシークエンス ・ snRNA-Seq (10X Genomics Chromium) + 遺伝子パネル解析 ・ ヒト全エクソームシークエンス ・ カスタムターゲットエンリッチメント ・ リキッドバイオプシー用 OptiSeq がんパネル解析サービス + 空間トランスクリプトーム解析 ・ BMKMANU ・ 10x Genomics Visium + トランスクリプトミクス解析 ・ 真核生物用 RNA-Seq ・ 原核生物用 RNA-Seq ・ メタトランスクリプトームシークエンス ・ CircRNA-Seq ・ Exosome Small RNA-Seq ・ PacBio Iso-Seq ・ Long non-coding RNA-Seq ・ Small RNA-Seq ・ 全トランスクリプトームシークエンス ・ 全長mRNA-Seq(Nanopore) + トランスラトミクス解析 ・ Ribosome Profiling + エピゲノミクス解析 ・ tRNA-Seq ・ tRF＆tiRNA-Seq ・ (h)MeDIP-Seq with LncRNA Promoter ・ エピトランスクリプトームシークエンス ・ R-loop profiling ・ eccDNA-Seq ・ 全ゲノムバイサルファイトシークエンス（WGBS） ・ ChIP-Seq ・ RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing） ・ ATAC-Seq ・ Hi-C クロマチン相互作用 + ゲノミクス解析 ・ ヒト/動植物全ゲノムシークエンス ・ 動植物 de novo ゲノムシークエンス ・ ゲノムワイド関連シークエンス ・ Hi-C Genome Assembly ・ SLAF-Seq + マイクロバイオミクス解析 ・ ショットガンメタゲノムシークエンス ・ メタゲノムシークエンス（ロングリード） ・ 16S/18S/ITS アンプリコンシークエンス（ショートリード） ・ 16S/18S/ITS アンプリコンシークエンス（Pacbio） ・ 細菌/真菌ゲノムリシークエンス ・ 細菌ゲノム de novo assembly ・ 真菌ゲノム de novo assembly + Hi-Cシークエンス解析 ・ Proximo Hi-C Genome Scaffolding ・ ProxiMeta Hi-C Metagenome Deconvolution ・ CytoTerra Cytogenomics ・ OncoTerra Oncology + 抗原特異的プロファイリング ・ HuScan PhIP-Seq Antibody Profiling 解析 ・ MouseScan PhIP-Seq Antibody Profiling 解析 + Reptor 免疫レパートリーシークエンス解析 ・ Hybridoma Sequencing ・ Bulk B cell Sequencing ・ Display Library Sequencing 　　 科学機器 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ 　　 試薬・材料・消耗品 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ 　　 ソフトウェア 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ Biomarker Technologies社（BMKgene）　次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス 真菌ゲノム de novo assembly 受託解析サービス フィルジェンでは、BMKgene社との業務提携による次世代シークエンスシング（次世代シーケンシング/NGS）/真菌ゲノム de novo assembly 受託解析サービスをご提供しています。 概要 本サービスは、Illuminaのショートリードシークエンシングのみで真菌のドラフトゲノムを作成します。またショートリードシークエンスと Nanopore または Pacbio によるロングリードシークエンシングを組み合わせることで、より長いコンティグを持つ、より精密な真菌ゲノムを得ることができます。さらに、Hi-C シークエンシングと組み合わせることで、機能がさらに向上し、染色体レベルの完全ゲノムの取得が可能になります。 特徴 ゲノム完全性の程度に応じた 3 つのプランをご用意 ◆ ドラフトゲノム： Illumina NovaSeq PE150 を用いたショートリードシークエンス ◆ 真菌ファインゲノム： ゲノムサーベイのための illumina NovaSeq PE150； ゲノムアセンブリーのための PacBio Revio（HiFi リード）または Nanopore PromethION 48 ◆ 染色体レベルの真菌ゲノム： ゲノムサーベイのための illumina NovaSeq PE150； ゲノムアセンブリーのための PacBio Revio（HiFi リード）または Nanopore PromethION 48； Hi-C アセンブリーによるコンティグアンカー 特長 ◆ 多様なシークエンス戦略に対応： 様々な研究目標およびゲノム完全性要件に対応 ◆ 包括的なバイオインフォマティクスワークフロー： ゲノムアセンブリー、複数のゲノムエレメントの予測、機能遺伝子アノテーション、コンティグアンカーリンクなどに対応可能 ◆ 豊富な専門知識： BMKgene では、12,000 種以上の微生物ゲノムアセンブリー経験、10年以上の実績を有し、高度なスキルを持つ解析チームによる包括的なコンテンツを提供します。 ◆ 解析完了後のサポート： プロジェクト完了後 3 か月のアフターサービス期間を設けています。この期間中、プロジェクトのフォローアップ、トラブルシューティングの支援、結果に関する疑問・ご質問にご対応いたします。 サービス内容 ご送付頂いた DNA サンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）から次世代シークエンスまで実施いたします。 【シークエンスパラメータ】 サービスプラン シークエンス条件 データQC ドラフトゲノム Illumina PE150 100x Q30≧85％ ファインゲノム Genome survey： Illumina PE150 50x Assembly： PacBio HiFi 30x または Nanopore 100x contig N50≧1Mb（PacBio, 単細胞性真菌） contig N50≧2Mb（ONT, 単細胞性真菌） contig N50≧500kb（非細胞性真菌） 染色体レベルゲノム Genome survey： Illumina PE150 50x Assembly： PacBio HiFi 30x または Nanopore 100x Hi-C Assembly 100x contig anchoring ratio＞90％ ※QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。 【データ解析内容】 以下の解析が含まれます。 ゲノムサーベイ： 　シークエンスデータの品質管理 　ゲノム推定：サイズ、ヘテロ接合性、反復エレメント ファインゲノムアセンブリー： 　シークエンスデータの品質管理 　De novo Assembly 　ゲノム成分解析：CDSおよび複数のゲノムエレメントの予測 　複数の一般的なデータベース（GO、KEGGなど）および高度なデータベース（CARD、VFDBなど）を用いた機能アノテーション Hi-C アセンブリー： 　Hi-Cライブラリーの評価 　コンティグのアンカリング、クラスタリング、順序付け、および方向付け 　参照ゲノムとヒートマップに基づいた Hi-C アセンブリーの評価 ※パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。 【作業内容】 1. サンプル QC チェック 2. ライブラリー作製 3. シークエンス作業 4. バイオインフォマティクス解析 【解析データ例】 Genome survey： k-mer distribution Genome assembly： functional gene annotation（GO） 納品物 ・サンプル QC レポート ・FASTQ 形式のシークエンスデータ ・バイオインフォマティクス解析データ ・プロジェクトレポート ※USB等の記録メディアにて納品いたします。 ※プロジェクトによって、納品物が変更される場合があります。 サンプル条件 サンプルタイプ プラットフォーム 濃度 量 液量 O.D比 Nanodrop/Qubit Genomicl DNA PacBio ≧20ng/μL ≧4.0μg *2μg DNA/1Gb data ≧40μL O.D.260/280=1.7-2.2 O.D.260/230=100 0.8-2.5 Nanopore ≧40ng/μL ≧4μg ≧40μL O.D.260/280=1.7-2.2 O.D.260/230=1.0-3.0 0.8-2.5 Illumina ≧1ng/μL ≧0.12μg ≧40μL O.D.260/280=1.7-2.2 - ※ gDNA 抽出からの作業をご希望の場合はお問合せください。 1. DNase, RNase フリーの 1.5mL または 2mL（推奨）のチューブを使用してください。 2. gDNA は、凍結融解をできる限り避け、-20℃で TE Buffer にて保存してください。 3. RNase 処理を行い、DNA が分解されていないことを確認してください。 4. UV スペクトルベースの濃度測定法では、DNA 濃度が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。 ※UV スペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノム DNA を準備してください。 5. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 6. サンプルの最終的な品質は、業務提携先での QCチェックの結果に従います事、予めご了承ください。 価格・納期 【価格】 サービス名 ゲノムサイズ サンプル数 税別単価　1） 型番 真菌ゲノム de novo assembly 受託解析サービス（ドラフトゲノム） バイオインフォマティクス解析付き ≦60Mb 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 真菌ゲノム de novo assembly 受託解析サービス（ファインゲノム, PacBio） バイオインフォマティクス解析付き ≦30Mb 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 30Mb以上 60Mb以下 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 真菌ゲノム de novo assembly 受託解析サービス（ファインゲノム, Nanopore） バイオインフォマティクス解析付き ≦30Mb 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 30Mb以上 60Mb以下 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 真菌ゲノム de novo assembly 受託解析サービス（染色体レベルゲノム, PacBio） ≦30Mb 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 30Mb以上 60Mb以下 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 真菌ゲノム de novo assembly 受託解析サービス（染色体レベルゲノム, Nanopore） バイオインフォマティクス解析付き ≦30Mb 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 30Mb以上 60Mb以下 1サンプル以上 お問合せ お問合せ 1) 海外へのサンプル輸送費用および HDD/USB 費用が別途必要です。 【納期】 　お問合せください。 サービスの流れ 「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 ご注意事項 （必ずご確認ください） ・ 本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先（Biomarker Technologies(BMKGene)社にて実施されます。 ・ 本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。 ・ やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 ・ サンプルの品質チェック（QCチェック）の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。 ・ ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了後に破棄されます。） ・ 生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。 ・ サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受入れが不能又は拒否されたりする場合もあります。 ※本サイトの情報は、Biomarker Technologies(BMKgene)社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。 【お問合せ】 受託解析部 Phone 052-624-4388 https://filgen.jp/ Copyright (C) Filgen, Inc.　All Rights Reserved.