製品・サービス情報
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Arraystar社 次世代シークエンス(NGS)
tRNA Modefication Seq (m1A/m3C/m1G/m2,2G) 受託解析サービス |
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Arraystar社（アメリカ）との業務提携による tRNA 修飾プロファイリングを行います。脱メチル化酵素処理の有無を比較することで、tRNA
における m1A、m3C、m1G、m2,2G 修飾部位を同時に同定し、メチル化レベルを定量化します。 |
 概要
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tRNA Modification Seq (m1A/m3C/m1G/m2,2G) 受託解析サービスは、複数のメチル化修飾（m1A、 m3C、m1G、m2,2G）を受けた
tRNA を一塩基分解能で同時かつ定量的にプロファイリング可能です。これらの修飾は、ワトソン-クリック型塩基を破壊し、逆転写による誤取り込みによりミスマッチ変異を誘発する可能性があります。
tRNA の修飾部位の同定とメチル化を定量するために、脱メチル化酵素処理の有無に関わらず、tRNA に対して高度に最適化された tRNA-seq
を実施します。各塩基位置におけるメチル化誘導変異指数（MI）を、脱メチル化処理 tRNA と比較することで修飾を検出します。m1A、m3C、m1G
および m2,2G 修飾のうち、m1G と m2,2G は哺乳類 tRNA における既知の異なる塩基位置（m1G： 9 番目と 37 番目、m2,2G：
26 番目）によってさらに区別されます。
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 特長
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複数のメチル化修飾を検出：
tRNA における m1A、m3C、m1G、m2,2G 修飾を同時にプロファイリングします。 |
| ◆ |
高効率のメチル化除去：
脱メチル化酵素処理 tRNA の内部修飾と末端修飾を効率的に除去します。詳細はこちら。 |
| ◆ |
1 塩基分解能：
脱メチル化酵素処理していない tRNA と処理した tRNA を並べて比較する事で、m1A、m3C、m1G、m2,2G メチル化修飾の正確な部位を同定します。 |
| ◆ |
包括的な tRNA エピトランスクリプトーム解析：
修飾部位、メチル化レベル、tRNA 発現を同時に解析します。 |
| ◆ |
高性能 tRNA シークエンシング：
厳格な QC プロセスを備えた高度に最適化された tRNA-seq により、通常の tRNA シークエンスの課題を克服します。 |
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 アレイとシークエンスの比較
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Arraystar社では、tRNA 修飾プロファイリング向けに、tRNA Modification Seq (m1A/m3C/m1G/m2,2G)
および Small RNA Modification Microarray を提供しています。研究目的に最も適したツールのご選択に、以下の表をお役立てください。
| tRNA Modification Seq (m1A/m3C/m1G/m2,2G) |
Small RNA Modification Microarray |
| ｔRNA のみに対応 |
miRNA、Pre-miRNA、tRNA、tsRNA(tRF および tiRNA) を含む複数の small RNA クラスに対応 |
修飾部位の一塩基分解能
アンチコドンや本体領域の特定塩基位置における tRNA 修飾の重要な情報 |
小型 RNA における修飾部位を問わない修飾検出 |
複数のメチル化タイプ（m1A/m3C/m1G/m2,2G）の同時検出
通常、複数種類の修飾を受ける tRNA を対象 |
プロジェクトごとに 1 種類の修飾 |
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 解析の流れ
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本サービスは、Total RNA ～データ解析までのフルパッケージとなっています。
図1. tRNA Modification Seq のワークフロー
m1A、m3C、m1G、および m2,2G 修飾は、脱メチル化酵素処理された tRNA と比較して、逆転写において誘導される誤組み込み変異によって同定されます。
【解析ワークフロー】
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1. |
Total RNA サンプルの受け取り |
| 2. |
Total RNA の QC チェック： 濃度、純度、完全性（分解度） |
| 3. |
tRNA の単離 |
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2 つに分け、一方を脱メチル化酵素処理 |
| 5. |
脱メチル化酵素処理済みおよび未処理 tRNA シークエンスライブラリー調製および QC |
| 6. |
Illumina プラットフォームによるシークエンシング |
| 7. |
データ抽出、解析および要約 |
【バイオインフォマティクス解析】
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本サービスのバイオインフォマティクス解析では、以下のデータを提供します。
| ・ |
サンプル QC 結果 |
| ・ |
FASTQ 形式のシークエンスデータ（Clean reads および Trimmed reads） |
| ・ |
データ解析：
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シークエンスデータの QC |
| - |
tRNA 参照データベースへのリードマッピングとアライメント |
| - |
adaptor-trimmed reads の長さ分布 |
| - |
tRNA の発現差解析（default fold changes ≧ 1.5 and p-value ≦ 0.05） |
| - |
発現変動 tRNA のヒートマップ |
| - |
発現変動 tRNA の散布図 |
| - |
発現変動 ｔRNA のボルケーノプロット（比較において生物学的反復がある場合） |
| - |
ミスマッチ率を用いて定量化された tRNA m1A/m3C/m1G/m2,2G の修飾部位レベル |
| - |
m1A/m3C/m1G/m2,2G の差次的修飾部位解析 |
| - |
m1A/m3C/m1G/m2,2G の差次的修飾部位のヒートマッププロット |
| - |
m1A/m3C/m1G/m2,2G の差次的修飾部位の散布図 |
| - |
m1A/m3C/m1G/m2,2G の差次的修飾部位のボルケーノプロット（生物学的複製がある場合） |
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| ・ |
プロジェクトサマリーレポート |
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【データ例】
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図2, 2 つの比較群間の tRNA メチル化部位の差異を示すボルケーノプロット |
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サンプル条件
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| 品質条件 |
詳細 |
| 対象生物種 |
GtRNAdb* に登録されている全生物 |
| サンプルタイプ |
Total RNA |
| 必要量 |
推奨量：＞20μg、最小量：＞10μg |
| 濃度（Nanodropに基づく） |
＞20ng/μL |
| 純度（Nanodropに基づく） |
O.D.260/280：＞1.7～2.0
O.D.260/230：＞1.8 |
| RNA Integrity |
・ホルムアルデヒド変性 1％ アガロース電気泳動：
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18S および 28S rRNA のシャープなバンドが確認でき、28S および 18S rRNA のバンド強度比が 2：1 程度であること。 |
・BioAnalyzer： RIN＞7.0
※血清、血漿、エクソソームおよび FFPE など、分解や断片化され品質低下がよく知られているサンプルに由来する RNA については、解析結果の品質が低い可能性があります。お客様の同意があれば、ご提供頂いたサンプルで解析を行うことは可能ですが、データ品質が悪い、あるいはデータが取得できない可能性もあり、データ取得の保証ができませんので、予めご注意ください。
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| ※ |
DNase、RNase フリーの 1.5ml または 2ml マイクロチューブを使用してください（スクリューキャップ式を推奨） |
| ※ |
ヌクレアーゼフリーの分子生物学グレードの水に溶解し、-80℃で保存してください。 |
| ※ |
サンプルは DNase 処理を行うことを推奨いたします。 |
| ※ |
UV スペクトルベースの濃度測定法では、不正確になる場合がありますので、蛍光ベースでの測定を強く推奨します。 |
| ※ |
UV スペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いサンプルをご準備ください。 |
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価格
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| サービス名 |
修飾 |
税別価格 |
カタログ# |
ｔRNA Modification Seq
（m1A/m3C/m1G/m2,2G） 受託解析サービス |
5mC, 5hmC,
6mA から選択 |
￥263,000 |
F-AS-ｔRmseq-［サンプル数］ |
| ※ |
1 サンプルの解析料金です。海外提携先への送料が別途必要になります。 |
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ご注意事項（必ずご確認ください）
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| 1. |
解析サービスに関して
本サービスの解析は、弊社の海外業務提携先（Arraystar社）にて実施されます。 |
| 2. |
解析に利用する製品に関して
本サービスの仕様は、事前の予告なく変更される場合があります。 |
| 3. |
お見積りに関して
正式なお見積書は、直接販売の場合には直接ご提出いたしますが、代理店経由の場合は代理店よりご提出させて頂きます。 |
| 4. |
サンプルの送付および取り扱いに関して
| 4.1 |
サンプルのご発送は、必ず、サンプル送付方法およびご注意点（PDF）の内容に従ってください。送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れがおきない様にしてください。サンプルの入ったチューブには、油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバッグ等に入れてください。RNAサンプルは、十分量の砕いたドライアイスとともに梱包し、クール便でお送りください。 |
| 4.2 |
サンプルは、なるべく休日をはさまない様に、弊社営業時間内（土日祝日、年末年始等を除く、平日9時～18時）に到着する様にご発送ください。なお、ご発送時の送料はお客様負担となります。着払いでは受け取りできませんので、あらかじめご注意ください。 |
| 4.3 |
サンプル送付の際は、受託解析サービスQCシートおよび免責事項同意書を同封してください。これらが同封されていない、または記入漏れがある場合、解析サービスに着手できませんので、ご注意ください。 |
| 4.4 |
ご送付いただいた RNA の品質チェックの結果、解析に必要な量が不足または低品質であった場合、サンプルの再送をお願いする場合があります。なお、再度サンプルをお送り頂く場合、業務提携先への再送料金をご負担いただきます。 |
| 4.5 |
弊社に起因しない（国内および国際輸送時など）サンプル喪失等に対する補償・保険制度はありませんので、貴重なサンプルをご提供頂く際はご注意ください。 |
| 4.6 |
お預かりできるサンプルは、BSL2（バイオセーフティーレベル2）までのものに限られます。感染性が著しく高いサンプル（HIV、HCV、HBVウイルスなどに感染している検体など）は、お預かりできません。ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。 |
| 3.7 |
ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了時に破棄されます。） |
| 3.8 |
本確認事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。 |
| 3.9 |
サンプル・業務等から生じた知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社は一切の責任を負わないものとします。 |
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| 4. |
キャンセルに関して
本サービスは、海外での解析という性質上、サンプル受領後のキャンセルはお引き受けできません。やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 |
| 5. |
納品物に関して
納品物は、代理店経由でのお取引の場合、基本的に代理店を介してお送りします。
納品データのバックアップは、必ずお客様にてお取りください。弊社でのデータ保管期間は、発送日から90日間です。弊社での保管期間を経過したデータは、破棄されます。 |
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本ページは、Arraystar社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。
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