製品情報・受託サービス情報 What's New!　製品・サービス情報　ダウンロード　e-mail_news登録　　　　 会社情報 概要　ミッション　アクセス　リクルート　連絡先　ビジネスパートナー　ライセンス　個人情報保護方針 Home＞製品・サービス情報＞受託サービス＞次世代シークエンシング（概要）＞Foli-seq 受託解析サービス 製品・サービス情報 　　 受託サービス サービス別ラインナップ ・次世代シークエンシング + 概要 + 受託解析サービスの流れ + QCシート 対応アプリケーション + シングルセル解析 ・ シングルセルシークエンス ・ snRNA-Seq (10X Genomics Chromium) + 遺伝子パネル解析 ・ ヒト全エクソームシークエンス ・ カスタムターゲットエンリッチメント + 空間トランスクリプトーム解析 ・ BMKMANU ・ 10x Genomics Visium + トランスクリプトミクス解析 ・ 真核生物用 RNA-Seq ・ 原核生物用 RNA-Seq ・ メタトランスクリプトームシークエンス ・ CircRNA-Seq ・ Exosome Small RNA-Seq ・ PacBio Iso-Seq ・ Long non-coding RNA-Seq ・ Small RNA-Seq ・ 全トランスクリプトームシークエンス ・ 全長mRNA-Seq(Nanopore) + 剥離細胞トランスクリプトーム（Exfoliome）プロファイリング ・ Foli-seqTM + トランスラトミクス解析 ・ Ribosome Profiling + エピゲノミクス解析 ・ tRNA-Seq ・ tRF＆tiRNA-Seq ・ tRNA Modification Seq(m1A/m3C/m1G/m2,2G) ・ (h)MeDIP-Seq with LncRNA Promoter ・ エピトランスクリプトームシークエンス ・ R-loop profiling ・ eccDNA-Seq ・ 全ゲノムバイサルファイトシークエンス（WGBS） ・ ChIP-Seq ・ RRBS（Reduced Representation Bisulfite Sequencing） ・ ATAC-Seq ・ Hi-C クロマチン相互作用 + ゲノミクス解析 ・ ヒト/動植物全ゲノムシークエンス ・ 動植物 de novo ゲノムシークエンス ・ ゲノムワイド関連シークエンス ・ Hi-C Genome Assembly ・ SLAF-Seq + マイクロバイオミクス解析 ・ ショットガンメタゲノムシークエンス ・ メタゲノムシークエンス（ロングリード） ・ 16S/18S/ITS アンプリコンシークエンス（ショートリード） ・ 16S/18S/ITS アンプリコンシークエンス（Pacbio） ・ 細菌/真菌ゲノムリシークエンス ・ 細菌ゲノム de novo assembly ・ 真菌ゲノム de novo assembly + Hi-Cシークエンス解析 ・ Proximo Hi-C シークエンス ・ ProxiMeta Hi-C Metagenome Deconvolution ・ CytoTerra Cytogenomics + 抗原特異的プロファイリング ・ HuScan PhIP-Seq Antibody Profiling 解析 ・ MouseScan PhIP-Seq Antibody Profiling 解析 + Reptor 免疫レパートリーシークエンス解析 ・ Hybridoma Sequencing ・ Bulk B cell Sequencing ・ Display Library Sequencing 　　 科学機器 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ 　　 試薬・材料・消耗品 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ 　　 ソフトウェア 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ Foli Bio 社　次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス Foli-seqTM 受託解析サービス Foli Bio 社（アメリカ）との業務提携による本サービスは、糞便サンプルから宿主のトランスクリプトームプロファイリングを行います。この次世代プラットフォームは、非侵襲的および経時的なプロファイリングを可能にし、腸管生物学に関する豊富な知見を提供します。 概要 Foli-seqTM は、Foli Bio 社独自の剥離 RNA プロファイリング技術です。糞便中の剥離した腸管上皮細胞および免疫細胞から宿主のトランスクリプトームシグナルを捕捉し、非侵襲的に粘膜生物学のスナップショットを提供します。高い感度と再現性を備えた Foli-seqTM は、免疫活性化、腸管上皮バリアの完全性、経路レベルの活性などを含む幅広い分子の測定を可能にします。 糞便中の希少なヒト（およびマウス）RNA を解析し、高次元のトランスクリプトームデータ生成、高度な AI/ML 駆動型解析と組み合わせることで、バイオマーカーの同定、患者の層別化、治療反応予測、新規創薬標的の発見などをサポートします。 図1, ワークフロー例： ヒト便サンプル Foli-seqTM は、低インプット RNA を 10,000 倍に増幅し、～11,000 個のヒト遺伝子を標的にすることが可能です。 特長 ◆ 糞便サンプルにおける様々な課題（RNA分解や微生物汚染など）に対して最適化されたプロトコル ◆ ヒトおよびマウスの糞便サンプルに対応（その他動物に関してはお問合せください。） ◆ 様々な保存条件下で採取された糞便サンプルも適用可能 ◆ 消化管の異なる部位（上部消化管と下部消化管など）からのシグナルを分離 ◆ 複数の細胞種からのシグナルをデコンボリューション 【Foli-seqTM プラットフォームの性能】 ・高感度かつ高い再現性： 遺伝子発現レベルを 5 桁のレンジで定量化 ・生検 RNA シークエンスと糞便 Foli-seqTM との間に高い相関性 ・Foli-seqTM は小腸と大腸の両方からのシグナルを捉える： 組織特異的シグナルの定量 ・グローバルな状態、細胞タイプ、遺伝子マーカーなど、様々なレベルでの縦断的シグナルを明確にする： 治療経過に伴う変化の軌跡 細胞型シグナルのデコンボリューション 治療中の遺伝子変化の追跡 解析の流れ 本サービスは、糞便組織～データ解析までフルサービスのご対応が可能です。 固定された標準パッケージは設けておらず、ご研究内容、目標や範囲に基づいてお見積りをご案内いたしますので、まずはご希望の解析内容をお知らせください。 (1)遺伝子選択/プローブ設計 ≫ Foli Bio 社設計の遺伝子セット ≫ RNA-seq データから特定 ≫ 薬剤標的とシグナル伝達経路 (2)剥離細胞トランスクリプトーム 　（Exfoliome）シークエンス ≫ 宿主トランスクリプトミクスを標的としたバイオマーカー同定およびモニタリング ≫ 絶対剥離量（オプション） (3)データ解析とインサイト生成 (4)幅広いカスタマイズアプリケーション (1)遺伝子選択/プローブ設計、(2)剥離細胞トランスクリプトーム（Exfoliome）シークエンス 本サービスでは、全トランスクリプトームではなく、Foli Bio で設計されたパネルを使用し、特定の遺伝子をターゲットとします。 これにより、例えばリポソームタンパク質の様な高発現転写産物の過剰サンプリングを回避し、高感度により多くの遺伝子を安定して検出できます。 使用するパネルは以下からご選択頂けます。 ・免疫パネル（約500遺伝子）： サイトカイン、ケモカイン、受容体、シグナル伝達分子、およびムチン、アクアポリン、タイトジャンクションタンパク質などの上皮機能およびバリア機能に関わる遺伝子を含む、免疫関連および IBD 関連経路に焦点を当てています。 ・腸機能パネル（約1,800遺伝子）： 上皮構造、細胞間結合の完全性、粘液分泌、栄養素の消化吸収、脂質代謝、胆汁酸経路など、腸の主要な生理機能を網羅しています。重複を減らすため、免疫パネルに既に含まれている遺伝子は除外されています。 ・ユニバーサルパネル（約11,000遺伝子）： トランスクリプトーム全体を網羅し、探索研究や新規バイオマーカーの同定に適した幅広い解析を提供します。このパネルには、免疫パネルと腸機能パネルの両方に含まれる主要な遺伝子が含まれています。 この他、特定の疾患、バイオマーカー、パスウェイに合わせてカスタマイズパネルの設計も可能ですので、ご興味ございましたらご相談ください。 また、有償オプションで、16S ｒRNA シークエンス解析も承っております。16S 解析も併せて実施することで、宿主と微生物叢の統合解析も可能です。 (3)データ解析とインサイト生成、(4)幅広いカスタマイズアプリケーション Tier-1： 一般 ● ハウスキーピングに基づく品質管理 ● エクソフォリオームの全体的なプロファイル ● 腸細胞の剥離レベル ● 群間/条件間の差異 表現型に関する知見： 例）インターペンションによって生じる変化を特定する Tier-2： 遺伝子、経路、細胞型 ● 経路活性と細胞型の変化を推測する ● バイアスのない差分解析 ● 対象となる遺伝子/経路に焦点を当てた標的評価 表現型に関する知見： 例）異なるレベルでのインターペンション効果の検証 Tier-3： バイオマーカー ● 入手可能な RNA シークエンスデータおよび臨床データセットと比較する。 ● 時間的に同時発現する遺伝子および早期バイオマーカーを特定する。 ● バイオマーカーの発現動態を評価する。 表現型に関する知見： 例）治療反応予測のための新規バイオマーカーの同定 Tier-4： 不均一性 ● 個体間のばらつきを評価する。 例： 大腸炎レベルの差異 ● 患者群内の異質性を評価し、臨床記録と比較する。 表現型に関する知見： 例）堅牢なバイオマーカーの開発における時間的変動の正確な把握 Tier-5： マイクロバイオーム ● 16S-V4 配列解析を実施する。 ● マイクロバイオームプロファイルと臨床データを比較する。 ● 宿主遺伝子とマイクロバイオームの時間的関連性を評価する。 その他 ● 特定の質問や懸念事項に対応するための、その他のカスタマイズされたデータ分析 【解析ワークフロー】 1. 糞便サンプルの受け取り 2. exfoliated RNA (eRNA) 抽出および cDNA 生成 3. 宿主転写産物の増幅： ターゲット独自の遺伝子パネルを使用したバイアス無しのワンスポット増幅 4. ライブラリー調製 5. Illumina プラットフォームによるシークエンシング（PE150） 6. バイオインフォマティクス解析 【バイオインフォマティクス解析】 ・ バイオマーカー探索のための遺伝子発現差解析 ・ 細胞型別解析 ・ 遺伝子セット濃縮解析による経路活性プロファイリング などを実施 ※ 具体的なバイオインフォマティクス解析は、プロジェクトの目的や使用する遺伝子パネルによって異なります。例えば、特定のカスタムパネルでは、遺伝子カバレッジがその解析に適していない場合、細胞型分離解析は実施されない可能性があります。また、上記以外のカスタマイズ解析についてもご相談を承ります。 【納品データ例】 本サービスのバイオインフォマティクス解析では、以下のデータを提供します。 ・シークエンスデータ（FASTQ形式） ・サマリーレポート（PDFおよびExcel形式）：実験ワークフロー、品質管理報告、データ解析内容、結果の概要など ・解析結果： 各図表を Excel, JPG, PNG, PDF 形式でご報告 ※本解析の定量化は、従来のアライメントベースの定量のリードカウントではなく、アンプリコンバーコード（unique amplicon identifier）のカウントに基づいているため、BAM ファイルなどのアライメント結果は含まれません。 FAQ ⇒Foliseq_FAQs_JP（PDF) サンプル条件 サンプル種 マウス糞便（動物実験） 患者群由来ヒト糞便 必要量（※1） 糞便ペレット1個（～20mg） 1～2g（バイオバンク用分注液の一般的な量） 採取方法 SOPに基づいて採取してください。 推奨： 採取後すぐに1.5mL エッペンドルフチューブに入れ、15分以内にドライアイスで凍結してください。 *糞便サンプルを15分以内にドライアイスに移せない場合は、0.5mLのDNA/RNA shield バッファー［Zymo Research R1100］に浸漬して保存してください。 *絶対定量（※2）をご希望の場合には、サンプル重量を測定後、DNA/RNA shield にて保存してください。（※3） DNA/RNA shield Fecal Collection Kit［Zymo Research R1180］で直接採取してください。 採取方法は、メーカープロトコールに従ってください。 保存 長期保存の場合は、サンプルを -80℃ の冷凍庫で保存し、移送時にはドライアイスを使用してください。凍結融解を繰り返すことは避けてください（3回未満） 推奨量：＞20μg、最小量：＞10μg 提出方法 凍結保存糞便を DNA/RNA Shield に浸漬し、-80℃保存およびドライアイス詰め冷凍便にてご送付ください。（絶対定量が必要な場合は、重力測定後に DNA/RNA Shield を添加してください。） DNA/RNA Shield Fecal Collection Kit で採取後、-80℃保存およびドライアイス詰め冷凍便にてご送付ください。 ※1 糞便 RNA 解析および有償オプションの腸内マイクロバイオーム解析を実施するために必要な量です。 ※2 絶対定量はオプションであり、必須ではございません。 ※3 正規化のために計量する場合は、0.001gの読み取り精度が必要です。 価格 サービス名 税別価格 カタログ.# Foli-seqTM 受託解析サービス   お問合せ お問合せ ※1サンプルの解析料金です。海外提携先へのサンプルの輸送料および記録メディア（USB/HDD）費が別途必要です。 ご注意事項 1. 解析サービスに関して 本サービスの解析は、弊社の海外業務提携先（Foli Bio 社）にて実施されます。 2. 解析に利用する製品に関して 本サービスの仕様は、事前の予告なく変更される場合があります。 3. お見積りに関して 正式なお見積書は、直接販売の場合には直接ご提出いたしますが、代理店経由の場合は代理店よりご提出させて頂きます。 4. サンプルの送付および取り扱いに関して 4.1 サンプルのご発送は、必ず、サンプル送付方法およびご注意点（PDF）の内容に従ってください。送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れが起きない様にしてください。サンプルの入ったチューブには、油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバッグ等に入れてください。RNAサンプルは、十分量の砕いたドライアイスとともに梱包し、クール便でお送りください。 4.2 サンプルは、なるべく休日をはさまない様に、弊社営業時間内（土日祝日、年末年始等を除く、平日9時～18時）に到着する様にご発送ください。なお、ご発送時の送料はお客様負担となります。着払いでは受け取りできませんので、予めご注意ください。 4.3 サンプル送付の際は、受託解析サービスQCシート(Word）および免責事項同意書を同封してください。これらが同封されていない、または記入漏れがある場合、解析サービスに着手できませんので、ご注意ください。 4.4 ご送付いただいたRNAの品質チェックの結果、解析に必要な量が不足または低品質であった場合、サンプルの再送をお願いする場合があります。なお、再度サンプルをお送り頂く場合、業務提携先への再送料金をご負担いただきます。 4.5 弊社に起因しない（国内および国際輸送時など）サンプル喪失等に対する補償・保険制度はありませんので、貴重なサンプルをご提供頂く際はご注意ください。 4.6 お預かりできるサンプルは、BSL2（バイオセーフティレベル2）までのものに限られます。感染性が著しく高いサンプル（HIV、HCV、HBVウイルス）に感染していることが確認されている患者由来の検体など）は、お預かりできませんので、予めご了承ください。ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。 4.7 ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。（サンプルは解析終了時に破棄されます。） 4.8 本確認事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。 4.9 サンプル・業務などから生じた知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社は一切の責任を負わないものとします。 5. キャンセルに関して 本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。 6. 納品物に関して 納品物は、代理店経由でのお取引の場合、基本的に代理店を介してお送りします。 納品データのバックアップは、必ずお客様にてお取りください。弊社でのデータ保管期間は、発送日から90日間です。弊社での保管期間を経過したデータは、破棄されます。 本ページは、EIRNA Bio 社のホームページに掲載されている情報や画像を一部引用しています。 【お問合せ】 受託解析部 Phone 052-624-4388 https://filgen.jp/ Copyright (C) Filgen, Inc.　All Rights Reserved.